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本篇接著介紹下列 4種 api 的用法：

1. get

2. conv

3. link

4. 4.ddi

get

根據(jù)提供的kegg 標(biāo)識(shí)符，返回特定的記錄，多個(gè)標(biāo)識(shí)符之間用+ 連接，一次最多允許10個(gè)標(biāo)識(shí)符，格式如下

http://rest.kegg.jp/get/dbentries[/option]
dbentries = KEGG database entries of the following database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | disease_ja | drug_ja | dgroup_ja | environ_ja | compound_ja
option = aaseq | ntseq | mol | kcf | image | conf | kgml | json

共有兩種用法

第一種用法，不帶任何的option, 返回的結(jié)果和網(wǎng)頁(yè)版的結(jié)果類似

示例：返回hsa:10458基因的信息

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458

第二種用法，后面加上options 操作，需要注意的是，特定的數(shù)據(jù)庫(kù)有特定的option。

對(duì)于gene 數(shù)據(jù)庫(kù)而言，支持 aaseq 和 ntseq, 返回基因的序列
示例：返回基因的核酸序列

http://rest.kegg.jp/get/hsa:10458/ntseq

對(duì)于pathway 數(shù)據(jù)庫(kù)而言，支持 image ， conf， kgml  ，但是一次只允許查詢1條記錄
示例： 返回hsa05130的通路圖

http://rest.kegg.jp/get/hsa05130/image

對(duì)于 compound, glycan, drus 數(shù)據(jù)庫(kù)，支持 images ,  mcol,  kcf 操作，對(duì)于images , 一次只允許返回一條記錄

示例 : 返回 C00002的結(jié)構(gòu)示意圖

http://rest.kegg.jp/get/C00002/image

conv

轉(zhuǎn)換kegg 的ID 和其他數(shù)據(jù)庫(kù)的ID
第一種格式，所有記錄之間的轉(zhuǎn)換

http://rest.kegg.jp/conv/target_db/source_db
(target_db source_db) = (kegg_db outside_db) | (outside_db kegg_db)
For gene identifiers:
kegg_d> = org
org = KEGG organism code or T number
outside_d> = ncbi-geneid | ncbi-proteinid | uniprot
For chemical substance identifiers:
kegg_db = compound | glycan | drug
outside_db = pubchem | chebi

示例： human的ncbi entrez ID 和 kegg 的ID 進(jìn)行轉(zhuǎn)換

http://rest.kegg.jp/conv/hsa/ncbi-geneid

第二種格式， 某幾條記錄之間的轉(zhuǎn)換，格式和第一種相同，只不過(guò)每次返回幾條記錄之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系，多條記錄用+ 連接，1次最多允許10條記錄

示例，查詢hsa:10458和 ece:Z5100 兩個(gè)基因?qū)?yīng)的 ncbi protein id

http://rest.kegg.jp/conv/ncbi-proteinid/hsa:10458+ece:Z5100

link

檢索兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)之間的關(guān)聯(lián)，共有兩種用法

第一種，兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)之間的關(guān)聯(lián)

http://rest.kegg.jp/link/target_db/source_db
target_db = database
source_db = database
database = pathway | brite | module | ko | genome | org | vg | ag | compound |
glycan | reaction | rclass | enzyme | network | variant | disease | drug | dgroup | environ | atc | jtc | ndc | yj | pubmed

示例：human 基因和pathway 之間的對(duì)應(yīng)關(guān)系

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa

第二種，查詢某幾條記錄在兩個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)之間的關(guān)聯(lián)

示例：查詢hsa:10458和ece:Z5100 兩個(gè)基因?qū)?yīng)的pathway 信息

http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa:10458+ece:Z5100

ddi

查找藥物之間的相互作用關(guān)系 , URL 格式如下

http://rest.kegg.jp/ddi/dbentry
dbentry = Single entry of the following database
database = drug | ndc | yj
可以提供1個(gè)藥物的ID, 也可以一次提供多個(gè)，多個(gè)ID 用 + 連接

示例 ： 查詢和D005664 這種藥物存在相互作用的記錄

http://rest.kegg.jp/ddi/D00564

總結(jié)：

kegg API 允許我們方便的獲取各種資源，最大的好處是我們可以通過(guò)程序批量下載，比如批量下載一個(gè)物種所有的pathway通路圖或者kgml 文件。API的用法也很簡(jiǎn)單，關(guān)鍵是我們要理解返回的數(shù)據(jù)有什么意義，比如 kgml 文件中記錄了哪些信息，conf 文件中的數(shù)字代表了什么，后續(xù)我會(huì)詳細(xì)介紹這些東西，通過(guò)kgml ,conf , 可以實(shí)現(xiàn)很多有意思的功能。