[重磅]KEGG API，你會(huì)用嗎

2018.08.03

聽(tīng)說(shuō)看到這個(gè)標(biāo)題你是一臉懵逼的狀態(tài)！那就讓omicsPie的老司機(jī)們帶你飛吧！點(diǎn)贊關(guān)注打賞組學(xué)派的小伙伴們?cè)缇妥呱先松鷰p峰了，你還在等什么？仔細(xì)閱讀文章哦，文中有彩蛋，看你有沒(méi)有發(fā)現(xiàn)！

在組學(xué)研究課題中，如果提起數(shù)據(jù)庫(kù)，你會(huì)想到什么？小編敢肯定，KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因與基因組百科全書(shū)）必將位列前幾位。作為系統(tǒng)生物學(xué)的重要工具，KEGG系統(tǒng)地包含了基因組、酶促反應(yīng)以及生物化學(xué)物質(zhì)等等，為基因組、轉(zhuǎn)錄組、蛋白組、代謝組等組學(xué)研究的數(shù)據(jù)挖掘提供了重要的支撐。

雖然KEGG可以在線訪問(wèn)，但對(duì)組學(xué)研究的童鞋們來(lái)說(shuō)，能夠批量訪問(wèn)和使用才是王道。今天，小編給介紹KEGG中為批量訪問(wèn)而提供的一個(gè)重要工具，KEGG API接口。通過(guò)它，大家就可以方便地將KEGG整合到大家的工作當(dāng)中。KEGG API是一個(gè)連接KEGG各類數(shù)據(jù)庫(kù)的應(yīng)用程序，主要以URL形式進(jìn)行訪問(wèn)：http://rest.kegg.jp/<operation>/<argument>[/<argument2[/<argument3> ...]]<operation> = info | list | find | get | conv | link | ddi

1. 總體的調(diào)用形式：

URL 形式：

http://rest.kegg.jp/<operation>/<argument>[/<argument2[/<argument3> ...]]

總共7種操作可以選擇，包括info, list, find, get, conv, link, ddi。后面會(huì)具體介紹。

Database 名稱

KEGG數(shù)據(jù)庫(kù)包括了三大類的數(shù)據(jù)庫(kù)，包括 KEGG database; KEGG MEDICUS extension database; Outside database (主要用于ID的變換)。

Database entry identifier（標(biāo)識(shí)符）

命名規(guī)則：

KEGG自身帶有17個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)，除了“genes”, 'enzyme', 'variant'均使用KEGG 標(biāo)識(shí)符<kid>。

<kid>: 數(shù)據(jù)庫(kù)前綴 5位數(shù)字組成，比如K number (kegg orthology), C number (kegg compound), D number (kegg drug)。例：ADP的kid為C00008

genes: <org>:<gene>, <org>為KEGG organism code或T number genome identifier，<gene>是基因編號(hào)，通常來(lái)自NCBI GeneID或INSDC Locus_tag。例如hsa:10458為human的BAP2基因（NCBI-GeneID :1045）

enzyme & variant: <database>:<entry>, <database>為database縮寫(xiě)，<entry>是名稱或編號(hào)。

KEGG database