KEGG 官網(wǎng)提供了API, 可以方便的訪問KEGG 數(shù)據(jù)庫中的內(nèi)容，鏈接如下：
http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html
利用API可以得到某一個基因參與的pathway 信息， 以human 為例；
1） 第一步，獲取每條pathway具體的描述信息
對應的API為 ： http://rest.kegg.jp/list/pathway/hsa
內(nèi)容如下：
可以看到，返回的內(nèi)容一共兩列，第一列為物種對應的pathway, 第二列為該pathway 對應的描述信息；
2）第二步， 獲取物種對應的基因信息
對應的API 為：http://rest.kegg.jp/list/hsa
內(nèi)容如下：
可以看到，第一列為基因在KEGG數(shù)據(jù)庫中的ID, 第二列為該基因的具體信息，其中RefSeq 字段之后的內(nèi)容為該基因的名字，比如 hsa:222029 對應的gene symbol 為DKFzp434L92
如果這個基因在Refseq 之后的內(nèi)容有逗號分隔的多個內(nèi)容，取第一個作為其gene symbol
以hsa:101954268為例，對應的gene symbol 為 RNVu1-20
通過以上方法獲得的gene symbol 和NCBI的GENE 數(shù)據(jù)庫中的基因名是一致的
3） 第三步， 獲取基因和pathway 之間的對應的關(guān)系
對應的API 為：http://rest.kegg.jp/link/pathway/hsa
內(nèi)容如下：
可以看出，第一列為KEGG數(shù)據(jù)庫中的ID, 第二列為該基因參與的pathway的ID;
通過上述的三個內(nèi)容，就可以得到基因參與的pathway信息
我寫了一個perl腳本，自動的下載對應對應的信息，最終輸出的結(jié)果如下所示：
第一列為基因在KEGG數(shù)據(jù)庫中的ID, 第二列為基因的名字，第三列該基因參與的pathway, 如果有多條pathway的話，用 | 分隔
