眾所周知，在我國(guó)古代，封建王朝同時(shí)安置多個(gè)京城的現(xiàn)象屢見(jiàn)不鮮：比如漢唐王朝都有兩京制度：西京長(zhǎng)安，東京洛陽(yáng)。到了北宋，北宋朝廷一鼓作氣搞了四個(gè)京城出來(lái)：西京洛陽(yáng)、東京開(kāi)封、南京商丘和北京大名府。
不過(guò)，雖然這些王朝都存在二個(gè)甚至更多的京城，但是朝廷（最高行政團(tuán)隊(duì)）卻只有一套。唯獨(dú)明朝特殊：明朝設(shè)立有南北兩個(gè)京城，并且，不光北京有一套朝廷，在南京，也存在一個(gè)部門齊全的行政團(tuán)隊(duì)——比如南京也有六部。
那么問(wèn)題來(lái)了：在明朝，“南京”的那套“朝廷”（這里指的是行政團(tuán)隊(duì)）是干什么用的？
1、朱棣的抉擇
明朝開(kāi)國(guó)的時(shí)候，朱元璋將明朝的都城設(shè)立在南京——在長(zhǎng)江以南定都，這是中國(guó)古代史上，惟一一個(gè)定都在長(zhǎng)江以南的大一統(tǒng)王朝。按照朱元璋的設(shè)想：明朝的都城永久性定在南京，而北方和北元（蒙古各部）交界之地，由藩王鎮(zhèn)守就好。
不過(guò)，朱元璋剛死，建文朝廷就和燕王朱棣爆發(fā)內(nèi)戰(zhàn)。最終，燕王朱棣推翻建文朝廷，建立永樂(lè)朝廷。
不過(guò)，永樂(lè)朝廷開(kāi)張以后，朱棣就考慮遷都：一來(lái)在南京，建文朝廷的殘余勢(shì)力，不得不讓自己提防；二來(lái)，朱棣考慮到永樂(lè)朝廷開(kāi)張的歷史，于是再也不敢繼續(xù)讓藩王守邊。但是，不讓藩王守邊，必然會(huì)導(dǎo)致邊塞地區(qū)的國(guó)防出現(xiàn)問(wèn)題（北宋就是例子），于是朱棣想出一個(gè)絕招：那就是改革。
其實(shí)朱元璋父子都是改革家。對(duì)朱元璋來(lái)說(shuō)，朱元璋實(shí)現(xiàn)了皇帝兼任宰相的改革，而朱棣則實(shí)現(xiàn)了皇帝兼任宰相兼任最高邊防指揮官的角色——朱棣決定，遷都北京，讓朝廷直接和北元短兵相接。
不過(guò)，朱棣畢竟是僭主，為了確定皇位合法性，朱棣對(duì)于朱元璋留下來(lái)的決定，也不敢一股腦全部廢黜。于是朱元璋別出心裁：在遷都北京的同時(shí)，依舊留下南京為首都，而且還給了南京一定的權(quán)限：把明朝朝廷分為兩個(gè)部分，主體朝廷管轄全國(guó)，南京的留守朝廷負(fù)責(zé)管轄南直隸地區(qū)——包括今天的江蘇、安徽等地。（當(dāng)然，南京朝廷的戶部，管轄范圍較廣）
同時(shí)，南京朝廷的人員設(shè)置，基本上和北京的朝廷一致。
2、養(yǎng)老院
不過(guò)，雖然南京的六部也具備行政功能，但主體上，南京六部其實(shí)更像一個(gè)養(yǎng)老院。、
畢竟，明朝的朝廷只有一個(gè)，“南京朝廷”只是一個(gè)調(diào)侃說(shuō)法。畢竟，“南京朝廷”既沒(méi)有皇帝也沒(méi)有內(nèi)閣，比起正牌的朝廷，要差遠(yuǎn)了。
此外，南京六部的官員，大體上有兩個(gè)來(lái)源：
