不會亂，明朝的兩京制度并不等于兩個朝廷，自朱棣遷都后，北京才是大明的京城，南京只是輔京，主次分明。
其實歷史上很多朝代都有一個以上的京城，例如：王莽篡漢后以長安為“新室西都”，洛陽為“新室東都”，劉秀恢復(fù)漢室后，以洛陽為京城，依然稱西漢舊都長安為都；遼國最夸張，共有五個京城。
以上這些朝代雖有多個京城，朝廷也只會以一個為主，其它京城最多有皇帝的行宮，就是名義上好聽一點，和別的城市沒有太大區(qū)別。
但明朝的兩京制度卻不同，北京和南京都有一套獨立的行政班子，互不統(tǒng)署。
也就是說，明朝南京也有六部、都察院、通政司、五軍都督府、翰林院、國子監(jiān)等朝廷機構(gòu)，官員的級別和正式的京師北京那一套是相同的，且南京各機構(gòu)行文時需要注明“南京某部”。
會有這樣的安排，是因為大明王朝是朱元璋在南京建立的，這里對明朝有著非同一般的意義，可以稱為朱家的“龍興之地”，因而朱棣遷都北京也沒有取消南京的京城地位。
同時，經(jīng)過多年的發(fā)展，南京已經(jīng)成為南方的政治、經(jīng)濟中心，輻射周邊地域，朱棣不想破壞這種格局，以免引起人心動蕩，便設(shè)置了前所未有的兩京制，讓南京直接管轄十五個府及三個州，相當(dāng)于現(xiàn)在的江蘇、安徽及上海，這就是俗稱的南直隸。
南京六部中，各部設(shè)一位尚書，兩位侍郎，職責(zé)和北京的差不多。
戶部主要負責(zé)南直隸及浙江、江西、湖廣等省份的稅糧，同時還負責(zé)漕運和全國鹽引的發(fā)放審核，并且管理著全國的戶籍，相對來說權(quán)力比較大；
兵部負責(zé)南京地區(qū)的守備，南京地區(qū)的49個衛(wèi)由兵部尚書統(tǒng)領(lǐng)，有兵就有權(quán)，因而這也是一個實權(quán)部門；
剩下的吏部、工部、刑部、禮部就乏善可陳了，就是負責(zé)南京地區(qū)相對應(yīng)的工作而已，事情不多，職權(quán)也小，是妥妥的養(yǎng)老單位。
尤其禮部，本應(yīng)主辦皇家的各種大型活動，但皇帝一般不去南京，龍子鳳孫們的婚禮也在北京舉行，南京禮部就無用武之地了。
除了六部，南京還有兩個職位值得一提，鎮(zhèn)守太監(jiān)和南京守備。
鎮(zhèn)守太監(jiān)在全國各地都有，是皇帝派去監(jiān)督各地軍事的，南京的兵部尚書就受著南京鎮(zhèn)守太監(jiān)的監(jiān)控；南京守備則節(jié)制南京諸衛(wèi)所，及南京留守、防護事務(wù)，是南京最高軍事長官，兼管民政。
南京兵部尚書、鎮(zhèn)守太監(jiān)、南京守備，這三個人共同管理著南京大部分的事務(wù)。
那么，南京既然也有完整的行政班子，而且不隸屬于北京各部門之下，是否說明這是兩個朝廷呢？
當(dāng)然不是。
從意識形態(tài)來說，“天無二日，國無二君”的觀念早已深入人心，皇帝只能有一個，京師自然也只能有一個，皇帝長住的才是真的京師，南京雖然也是“京”，其政治地位和北京無法相提并論。
如果硬是把南京和北京提到一樣的高度，別說皇帝，就連普通百姓都會懷疑說這話的人是不是有異心。
從遷都之后的明朝政治架構(gòu)來說，六部并不是權(quán)力巔峰，上面不但有皇帝，還有內(nèi)閣。
立朝之初，朱元璋按照前朝慣例，設(shè)丞相一職管理百官，后來覺得丞相的權(quán)力太大了，威脅到皇權(quán)，便借著胡惟庸一案撤銷丞相這個職務(wù)，他自己直接管理朝政，雖設(shè)置殿閣大學(xué)士作為顧問，很多事情還是由他來處理，累得半死不活。
朱棣不愿受這份罪，提升了大學(xué)士的地位，讓他們參與機密事務(wù)，最終形成內(nèi)閣，擁有替皇帝起草批答大臣奏章的票擬權(quán)。雖然內(nèi)閣一直不是法定的一級行政機構(gòu)，但實際上六部已經(jīng)成了內(nèi)閣的下屬部門，南京六部也不例外。
北京六部管不到南京六部，但內(nèi)閣可以管，不但管六部，也管南京其它行政機構(gòu)，一切都在內(nèi)閣掌控中。
明朝中后期，南京的機構(gòu)成了極為微妙的存在。凡是在政治斗爭中失敗卻又還有一點勢力的文官、太監(jiān)，都被調(diào)往南京，南京班子成了政壇的養(yǎng)老院。
不過，鎮(zhèn)守太監(jiān)和南京守備這兩個職位還是非常有含金量的，只有皇帝的心腹才能擔(dān)任，他們也許不是最得勢的，卻是皇帝最信任的。七下西洋的鄭和就是首任南京守備太監(jiān)。
因此，明朝雖有兩京制，但不是兩個朝廷，兩套班子各司其職，互不沖突，又有內(nèi)閣統(tǒng)一管理，不會生亂。
