后白河法皇的院政直到1192年法皇逝世才宣告終結(jié)。此后朝政由關(guān)白九條兼實(shí)執(zhí)掌。法皇執(zhí)政期間，一直避免給予源賴朝“征夷大將軍”的稱號(hào)。兼實(shí)執(zhí)政期間，授予了源賴朝“征夷大將軍”的稱號(hào)，但在源通親的建議下，不準(zhǔn)賴朝將女兒大姬嫁入宮中。兼實(shí)的女兒任子是后鳥羽天皇的中宮，未生皇子。1195年源通親的養(yǎng)女源在子為天皇誕下一子（即后來(lái)的土御門天皇）之后，次年京都就發(fā)生了政變，九條任子就被廢去中宮之位，其父兼實(shí)也被罷免官職。這次政變的幕后主謀就是源賴朝。
建久9年（1198年）1月11日，后鳥羽天皇禪位給了兒子為仁親王，是為土御門天皇。此后，后鳥羽上皇開設(shè)院政，輔佐土御門、順德、仲恭三代天皇。他積極對(duì)院政進(jìn)行改革，并在1199年源賴朝死后對(duì)鐮倉(cāng)幕府持強(qiáng)硬態(tài)度，試圖將鐮倉(cāng)幕府控制在自己手里。源賴家被廢黜后，源千幡被上皇賜名“實(shí)朝”，立為鐮倉(cāng)幕府第三代將軍，試圖擴(kuò)大朝廷在幕府的影響力。在源實(shí)朝擔(dān)任將軍的時(shí)期，朝廷和幕府之間的關(guān)系十分親睦。上皇曾提出“宮將軍”的構(gòu)想，也就是讓親王出任將軍。但實(shí)朝被暗殺后，朝廷和幕府的關(guān)系惡化，幕府拒絕了朝廷的“宮將軍”構(gòu)想。
承久元年（1219年），內(nèi)里守護(hù)源賴茂率西面武士嘩變，最終被鎮(zhèn)壓。其原因，一說(shuō)是賴茂試圖脅迫上皇讓他當(dāng)上將軍，另一說(shuō)是要求上皇下達(dá)討幕的院宣。包括仁壽殿、宜陽(yáng)殿、校書殿在內(nèi)的許多宮殿被燒毀。上皇下令向全國(guó)征收重建宮殿的費(fèi)用，但鐮倉(cāng)幕府轄下的東國(guó)地頭皆拒絕向朝廷朝貢。這使朝廷和幕府的關(guān)系急劇惡化。
承久3年（1221年）5月14日，后鳥羽上皇下達(dá)了討伐時(shí)任幕府執(zhí)權(quán)北條義時(shí)的院宣，并召集畿內(nèi)、近國(guó)的武士討伐幕府，史稱承久之亂。北條義時(shí)率軍反擊，朝廷軍大敗。二個(gè)月后的7月9日，北條義時(shí)的兒子泰時(shí)率19萬(wàn)大軍上京，將后鳥羽上皇流放隱歧島，順德上皇流放佐渡島，土御門上皇流放土佐國(guó)。后鳥羽上皇的皇子雅成親王流放但馬國(guó)、賴仁親王流放備前國(guó)。同時(shí)廢黜了順德上皇的兒子仲恭天皇，擁立后鳥羽上皇哥哥守貞親王的兒子茂仁王為新的天皇，是為后堀河天皇；守貞親王則以太上天皇的身份執(zhí)掌院政，是為后高倉(cāng)院。
后鳥羽上皇在流放隱岐島之前出家。延應(yīng)元年（1239年）2月20日，后鳥羽上皇在隱歧島逝世。同年5月謚顯德院。四條天皇逝世后，后高倉(cāng)院一脈斷絕，后其孫后嵯峨天皇即位，于仁治3年（1242年）7月改其院號(hào)為后鳥羽院
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