不多久，熹宗逝世，莊烈帝即位，忠賢被誅殺，削了過去冒領軍功封賞者的官職。朝廷大臣爭著請求召回崇煥，這年十一月，袁崇煥被提升為右都御史，掌管兵部添注左侍郎的事務。崇禎元年(1628)四月，被任命做兵部尚書兼右副都御史，督管薊、遼兩地軍隊，兼登、萊、天津的軍務，上司敦促他走馬上任。七月崇煥入都，先上疏陳述軍事。莊烈帝在平臺召見他，對他深加慰勞，并向他咨詢用兵方略。他說：“用兵方略已經全部寫在奏章中了。臣受陛下的特別寵信，希望能給我以便宜行事的權力，估計五年內，全遼可以恢復?！鼻f烈帝說：“你能收復遼地，我決不吝嗇封侯之賞。你努力平息天下的動亂，你的子孫也會享你的福的?！背鐭念^謝恩。莊烈帝退朝稍事休息的時候，給事中許譽卿向崇煥詢問五年內收復遼地策略。崇煥說：“皇上為這事心中焦急，我姑且用這話安慰他罷了?！弊u卿說：“皇上英明，你怎能隨便回話呢？以后按期責取成功，你怎么辦？”崇煥茫然不知所云。一會兒，皇帝出朝，崇煥上奏說：“遼東軍事本來就不容易成功。陛下既然交由我來辦，我怎么敢因難而推辭？只是在五年內，戶部轉給軍餉，工部供給器械，吏部選派官員，兵部調兵遣將必須朝廷內外事事相互照應，才有可能取得成功?！鼻f烈帝按他所說，發(fā)布詔書告誡了四部大臣。
崇煥又說：“依我的能力，制服全遼的疆土有余，可是統(tǒng)一眾人的議論力量就不足了。我一出國門，就踏上了萬里征途。朝中忌能妒功的，總是不乏其人。就是他們不能以權力牽制我，也能用意見來打亂我的謀略。”莊烈帝站起來側耳傾聽他的話，告訴他說：“您不必為此憂慮，我自有主張?！贝髮W士劉鴻訓等請收回之臣、滿桂的尚方寶劍，賜給崇煥，并給他便宜行事的權力。莊烈帝都一一答應，并賜崇煥酒饌，然后散朝而去。崇煥因為以前熊廷弼、孫承宗都被人誣陷、排擠，不能實現(xiàn)他們的抱負，上書說：“收復遼地的計策，不外乎以前我用遼人守遼土，用遼土養(yǎng)遼人，守為正招，戰(zhàn)為奇招，和為旁招的說法。實施之法在于逐步實行而不能求快，在于實實在在而不能務虛。這是我和守邊的大臣們所能做到的。至于負責用人的大臣和任用有作為的官員，都由皇上您掌握其關鍵。怎樣才能任而無貳，信而無疑？大概說來駕馭邊臣與朝臣的辦法不同，軍隊中可驚可疑的事特別多，皇上只應當看他成敗的大局，沒必要抓住邊臣一言一行的小過錯不放。邊臣負擔的責任重大，對他們的埋怨實在很多。凡是有利于邊疆的舉動，對將領自己都不利。何況攻敵緊急，敵人也會從中離間大將，所以當邊疆守臣實在很難。陛下愛護我信任我，我何必過多疑慮懼怕呢？只是心中意識到自己有危險，不敢不報告?！鼻f烈帝以安慰的詔書回答了他，并賜給他蟒玉、銀幣，他上書辭讓蟒玉，沒有接受。
這個月，川、湖軍隊戍守寧遠的，因為軍餉缺發(fā)達四個月之久，起來喧鬧，其余的十三個營起來響應他們，把巡撫畢自肅、總兵官朱梅、通判張世榮、推官蘇涵淳綁了去，囚禁在城墻上的碉樓里。自肅受重傷，兵備副使郭廣剛到，親自保護自肅，收集撫賞金和不動金二萬兩用以平息事態(tài)，數(shù)目不足，又從商人百姓那里借貸五萬兩給他們，事情才得以解決。自肅上書自行請罪，逃往中左所，自殺而死。崇煥在八月初抵達關防所，聽說兵變就騎馬前去同郭廣密謀，寬恕了帶頭起事的楊正朝、張思順，命令逮捕了十五人在街市上殺掉；斬知情不報的中軍吳國琦，責問參將彭簪古，罷黜都司左良玉等四人。派正朝、思順到前線立功贖罪，世榮、涵淳因貪污虐待下屬導致事變，也被罷免。只有都司程大樂一營沒有跟從兵變，特別為此給予獎勵。由此當?shù)夭欧€(wěn)定下來。
關外大將四、五人，辦起事情往往互相牽制，后來又規(guī)定只設二人，由朱梅鎮(zhèn)守寧遠，大壽仍然駐軍錦州。到這個時候朱梅就要卸任了，崇煥請求合寧遠、錦州為一鎮(zhèn)，大壽仍然駐軍錦州，提升中軍副將何可剛都督僉事，接替朱梅駐守寧遠，改派薊鎮(zhèn)的趙率教駐軍關門，關內外只設兩員大將。就此事在上疏中極力稱贊他們三人的才干，說：“我自許五年內收復，就?？窟@三個人了，應當讓他們從頭到尾輔助我。到時候沒有成效，我就親手殺了他們三個，我自己的命交由司法部門處理吧。”莊烈帝同意了他的意見。崇煥于是留下來鎮(zhèn)守寧遠。自肅已經死了，崇煥請求停止設巡撫一職。等到登萊巡撫孫國楨免職，崇煥又請求虛其位不再派人。莊烈帝也都回答可以。哈剌慎三十六家過去接受了明朝的安撫和封賞，后來被插漢所逼迫，又因收成不好，有叛改的意向。崇煥召他們在邊境上相見，親自安撫慰問他們，他們都順服了。二年閏四月評敘春秋兩防的戰(zhàn)功，崇煥被加封太子太保，賜給蟒衣、銀幣，并得到蔭封子孫錦衣千戶的封賞。
崇煥上任一開始，就想殺掉毛文龍，文龍，仁和人。以都司之職率兵援助朝鮮，逗留在遼東一帶，遼東失陷后，從海路逃回，乘守備空虛殺死大清鎮(zhèn)江的守將，向巡撫王化貞做了報告，沒有告訴經略熊廷弼，由此兩人開始有了怨恨。當時朝廷里掌權的人正賞識化貞，于是授職文龍為總兵官，逐漸加升到左都督，掛起將軍印，賜尚方寶劍，像內陸一樣在皮島上設立軍鎮(zhèn)。皮島又叫東江，在登、萊沿岸的大海中，全長八十里，不生長草木，遠離海岸，靠近北岸，北岸與大清界只相隔八十里的海面，他的東北海就屬于朝鮮了。
不過，毛文龍占居的東江，形勢雖然足以牽制大清兵，但他本人沒有大的謀略，每次征戰(zhàn)都失算，每年浪費的軍餉無法計算，并且只顧征招商賈，販賣禁物，名義上在援助朝鮮，實際上是妄出邊塞，沒有軍事的時候就以變賣人參、布匹為職事，有戰(zhàn)爭，也很少得到過他的功用。工科給事中潘士聞彈劾文龍浪費軍餉濫殺俘虜?shù)淖镄?，尚寶卿董茂忠請求撤了文龍的兵，專門整治山海關、寧遠的軍隊。兵部討論認為不行。崇煥心里對文龍不高興，曾上書請求派部臣到文龍?zhí)幥謇砑Z餉。文龍討厭有文臣在身邊牽制，上書反駁，崇煥很不高興。等到文龍來拜訪時，崇煥按賓客之禮迎接他，文龍又不謙讓，崇煥除掉毛文龍的主意更加堅決了。
到了這個時候，崇煥就以閱兵為名，乘船到達雙島，文龍前來會面。崇煥同他設宴飲酒、行樂，每每到半夜才罷，文龍沒有覺察崇煥的意思。崇煥同他商量更改營制，設立監(jiān)司，文龍很不高興。崇煥用離職返鄉(xiāng)勸說他，文龍回答說：“以前有這個意思，但現(xiàn)在只有我了解東部戰(zhàn)事，等東部戰(zhàn)爭完畢，朝鮮衰弱，可以一舉而占有?！背鐭ǜ硬桓吲d，就在六月五日這天邀請文龍來觀看將士們射箭，先在山上設了帷帳，命令參將謝尚政等安排身穿鎧甲的士兵埋伏在帳外。文龍來后，他手下的士兵不能進帳里來。崇煥說：“我明天出發(fā)，海外的事情全寄托在您身上了，請受我一拜?！被ハ喟菀娭螅黄鸬巧仙絹?。崇煥問起他隨從軍官的姓名，多是姓毛的。文龍說：“這些人都是我的孫子。”崇煥笑了，說道：“你們在海外勞苦多日，每月祿米也只有那么一斛，說起來痛心呢，也請受我一拜，大家都為國家盡力?！边@些人都叩頭道謝。
崇煥就此詰問文龍幾樁違令的事情，文龍做了對抗性的辯解。崇煥高聲喝斥他，讓人扒下他的帽子和袍帶，把他捆了起來，文龍仍很倔強。崇煥說：“你有十二條該斬頭的大罪，知道嗎？按我朝祖宗定下來的制度，大將領兵在外，必須接受文官的監(jiān)視。你在這邊一人專制，軍馬錢糧都不接受核查，一該殺。大臣的罪沒有比欺騙君主更大的，你送上奏章全都蒙騙，殺害投降的士兵和難民，假冒戰(zhàn)功，二該殺。大臣沒有自己的將領，有則必殺。你上書說在登州駐兵取南京易如反掌，大逆不道，三該殺。每年餉銀幾十萬，不發(fā)給士兵，每月只散發(fā)三斗半米，侵占軍糧，四該殺。擅自在皮島開設馬市，私自和外國人來往，五該殺。部將幾千人都冒稱是你的同姓，副將以下都隨意發(fā)給布帛上千匹，走卒、轎夫都穿著品官官服和袍帶，六該殺。從寧遠返回途中，劫掠商船，自己做了盜賊，七該殺。強娶民間女子，不知法紀，部下效仿，使得百姓不安于家，八該殺。驅使難民遠遠去幫你盜竊人參，不聽從的就被餓死，島上白骨累累，九該殺。用車送金子到京師，拜魏忠賢為父，并在島上雕塑他加冕冠的肖像，十該殺。鐵山一戰(zhàn)敗北，喪師不計其數(shù)，卻掩敗為功，十一該殺。設鎮(zhèn)八年，不能收復一寸土地，坐地觀望，姑息養(yǎng)敵，十二該殺?！毙纪旰螅凝垎驶晔?，說不出話來，只是叩頭請免他一死。崇煥召他的部將來說：“文龍這樣的罪狀，該不該殺他？”大家都怕得唯唯諾諾，誰敢反對？中間有稱道文龍數(shù)年勞苦的，崇煥訓斥說：“文龍本是一個平民百姓罷了，官做得最高，全家都得以蔭封，足夠報他的辛勞了，他怎么就這樣悖亂違逆呢！”接著就磕頭請求皇帝的旨意說：“我今天殺文龍以整頓軍紀。將領中間有和文龍一樣的，都要殺了他們。我不能成功的話，請皇上也像殺文龍一樣殺了我?！庇谑侨∠律蟹綄殑υ趲で鞍盐凝埖念^砍了下來。出來告訴他的將士們說：“只殺文龍一個人，其他人都沒有罪?！?/p>
這時候，文龍麾下兇猛強悍的官兵有數(shù)萬人，都怕崇煥的威風，沒有一個敢亂動的。崇煥命人用棺材埋了文龍。第二天，用肉酒等祭品祭奠他說：“昨天殺你，是朝廷的法律；今天我祭奠你，是出于同僚、友人的感情?！辈樗湎铝藴I。接著分撥文龍的士兵二萬八千人為四協(xié)，任用文龍的兒子承祚、副將陳繼盛、參將徐敷奏、游擊劉光祚為首領。收回文龍的敕印、尚方寶劍，令繼盛代他掌管。又犒勞軍士，傳檄安撫各島人民，全部廢除了文龍的苛政?；氐芥?zhèn)上以后，把文龍一事上書報告皇帝，末尾說：“文龍作為大將，不是我可以擅自誅殺的，所以我謹席橐待罪?！碑敃r是崇禎二年(1624)五月。莊烈帝突然聽到這個消息，大吃一驚，但想到文龍既已死去，當時又靠著崇煥，所以就以贊揚的態(tài)度下詔書褒獎他。不久又傳旨公開文龍的罪行，用以穩(wěn)定崇煥的心；文龍埋伏在京城的爪牙，也命令法司加以搜捕。崇煥又上書說：“文龍一介匹夫，不守法竟至于這種程度，是因為海外便于作亂。他的部隊連老帶幼一起算有四萬七千人，假稱十萬，并且中間有很多百姓，兵還不到兩萬，擅自設將領千人?，F(xiàn)在不便于再設總帥，就以繼盛代行其事，這樣算來是方便的?！鼻f烈帝回答可以。
崇煥雖然殺了文龍，怕他的部下發(fā)動兵變，所以增加餉錢至十八萬兩銀子。然而島上的兵失去主帥后，漸漸地散了心，越發(fā)不可征用了。以后直至有背叛投敵的。崇煥上書說：“東江一鎮(zhèn)，想牽制敵人還必須借助它。今定為兩協(xié)，馬軍十營，步軍五營，每年需餉銀四十二萬兩，米十三萬六千石?！鼻f烈帝因為兵減少糧餉增加很有點情緒，因為崇煥，就特別地按他的請求辦了。
崇煥在遼東，和率教、大壽、可剛等確定兵制，漸漸推行到登、萊、天津，等到確定東江兵制以后，合計四鎮(zhèn)兵共十五萬三千有余，馬匹八萬一千有余，每年耗費餉銀四百八十余萬兩，比過去減少了一百二十萬。莊烈帝很贊賞他。
文龍死后才三個月，大清兵數(shù)十萬分路進入龍井關、大安口。崇煥聽說了，就督領大壽、可剛等去守衛(wèi)。于十一月十日抵達薊州，經過撫寧、永平、遷安、豐潤、玉田等城市，都留下隊伍防守，莊烈帝聽說他到了，很高興，用溫和的詔書贊揚、鼓勵他，頒發(fā)公款犒賞將士，并命令他統(tǒng)帥各路援軍。不久聽說率教戰(zhàn)死，遵化、三屯營都被攻下，巡撫王元雅、總兵朱國彥自殺，大清兵越過薊州向西去了。崇煥怕了，火速領兵入關保護北京，在廣渠門外扎營。莊烈帝立刻召見他，慰勞了他一番，向他訊問戰(zhàn)守策略，賜他御用的食品和貂裘。崇煥由于兵馬疲憊，請允許進城中來休息，莊烈帝不同意，崇煥出去與清兵大戰(zhàn)，互有殺傷。
當時大清兵所由進入的隘口是薊遼總理劉策管轄的，崇煥聽說事變就不遠千里前來解救，所以自認為有功無罪。然而都城的人們突然遭到兵亂，怨言誹謗紛紛而起，說崇煥擁兵縱敵。朝廷大臣因為以前崇煥和大清軍有過議和，誣蔑他引來敵人想逼朝廷議和，將要訂立城下之盟。莊烈帝聽了一些這樣的話，心中不能不迷惑。恰好大清軍又設了離間計，說崇煥和我們有秘密的和約，讓他們所抓獲的宦官知道后，又故意讓他逃走。那宦官跑去告訴莊烈帝，莊烈帝深信不疑。十二月十五日又一次召崇煥問話時，就把他綁了下到京師的獄里。大壽當時在旁邊，渾身哆嗦，不知所措，出來以后就帶兵叛逃而去。大壽過去曾經有罪，孫承宗要殺他的時候，愛惜他的才能，就秘密地要崇煥解救他。大壽因此感激崇煥，怕被一齊殺了，就叛逃了。莊烈帝拿崇煥在監(jiān)獄中親手寫的信，派人前往召大壽回來，他才歸順。
崇煥在朝廷時，曾和大學士錢龍錫談話中間略略說到想殺毛文龍一事。等崇煥想和大清兵和議時，龍錫曾寫信制止他。龍錫過去曾主管確定魏忠賢的逆案，忠賢的殘余黨羽王永光、高捷、袁弘勛、史翲等人策劃制造大案，就以擅自主張議和、獨斷專殺大帥等事作為他們兩個人的罪行，高捷首先上書竭力攻擊，史翲、弘勛繼之于后，一心想連龍錫一齊殺掉。法司定了崇煥謀叛的罪名，龍錫也定死罪。三年(1630)八月就把崇煥在街市上車裂而死。他的兄弟妻子都被流放三千里，并抄沒了他的家。崇煥沒有兒子，家中也沒有多余的錢財，天下人都以為他死得冤屈。
崇煥被捕入獄后，大壽奔逃大清軍去了。武經略滿桂因為被催促甚急，與大清兵戰(zhàn)斗，終于戰(zhàn)死，這時離崇煥下獄才半個月時間。當初崇煥妄自殺了文龍，至此莊烈帝又誤殺了崇煥。自從崇煥死后，邊疆的戰(zhàn)事更加無人可靠了，明朝滅亡的征兆也已決定無疑了。
