蛋白質相互作用及信號轉導數據庫

2020.12.05

1.DIP

http://dip.doe-mbi.ucla.edu/

相互作用的蛋白質數據庫(DIP)收集了由實驗驗證的蛋白質－蛋白質相互作用。數據庫包括蛋白質的信息、相互作用的信息和檢測相互作用的實驗技術三個部分。用戶可以根據蛋白質、生物物種、蛋白質超家族、關鍵詞、實驗技術或引用文獻來查詢DIP數據庫。

2.BIND

http://www.bind.ca/

生物分子相互作用網絡數據庫（BIND）是旨在存儲相互作用，分子復合物和通路的完整描述的數據庫。包括蛋白質、核酸和小分子組成的任何兩個分子間的相互作用，化學反應以及光化學激活和構象改變等。該數據庫能夠被用于研究相互作用網絡，繪制跨分類分枝的通路，并產生動力模擬信息。

3.MINT

Http://cbm.bio.uniroma2.it/mint/

分子相互作用數據庫（MINT）存儲了包括蛋白質、RNA、DNA生物分子間相互作用及分子酶學修飾的數據庫?？捎糜诓樵儗嶒烌炞C的蛋白質-蛋白質相互作用，包括直接和間接作用。

4.3DID(3D interacting domains)

http://3did.irbbarcelona.org

http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/

搜集3D結構已知的蛋白質的互作信息，可通過結構域名稱、基序名稱、蛋白質序列、GO編碼、PDB ID、Pfam編碼進行檢索。

5.DOMINE

http://domine.utdallas.edu

結構域互作數據庫。

6.PiSite(Database of Protein interaction sites)

http://pisite.hgc.jp

以PDB為基礎，在蛋白質序列中搜尋互作位點。

7.Binding MOAD

http://www.BindingMOAD.org

致力于提供蛋白質-配體晶體結構數據信息。提供結構已知的蛋白質的相關配體，并附有詳細注釋，同時提供由實驗而得的親和力數據。

8.Phospho.ELM

http://phospho.elm.eu.org

蛋白質磷酸化位點數據庫。

9.STITCH

http://stitch.embl.de/

蛋白質-化合物作用網數據庫。

10.UniHI

http://www.unihi.org

人體蛋白質相互作用數據庫，可根據蛋白質名稱、代謝路徑等查詢。

11.KEGG

http://www.genome.ad.jp/kegg/

京都基因和基因組百科全書(KEGG)是系統(tǒng)分析基因功能，聯(lián)系基因組信息和功能信息的知識庫。基因組信息存儲在GENES數據庫里，包括完整和部分測序的基因組序列；更高級的功能信息存儲在PATHWAY數據庫里，包括圖解的細胞生化過程如代謝、膜轉運、信號傳遞、細胞周期，還包括同系保守的子通路等信息；KEGG的另一個數據庫是LIGAND，包含關于化學物質、酶分子、酶反應等信息。KEGG提供了Java的圖形工具來訪問基因組圖譜，比較基因組圖譜和操作表達圖譜，以及其它序列比較、圖形比較和通路計算的工具，可以免費獲取。

12.PID

http://pid.nci.nih.gov/

由美國國家癌癥研究院（NCI）和Nature共同創(chuàng)立，提供已知的人體細胞信號轉導、調節(jié)活動及主要細胞生命過程的蛋白質路徑網，可通過輸入某個分子名或代謝過程名稱進行查詢。

13.Reactome

http://www.reactome.org/

人體生命活動路徑與過程數據庫，提供生化過程網絡圖，并對參與其中的蛋白質分子詳細注解，與其他數據庫如UniProt、KEGG、OMIM等建立廣泛交叉。

14.SPAD(signaling pathway database)

信號通路數據庫，主要包含啟動胞內信號通路的四種細胞外信號分子，涵蓋生長因子、細胞因子、激素和應激等相關通路。

15.CSNDB(cell signaling networks database)

細胞信號網絡數據庫，由日本國立健康科學研究所建立，是人類細胞中信號途徑的數據和知識庫。匯編了有關信號傳輸的生物分子、序列、結構、功能和生物化學反應，并能夠自動繪圖表示信號途徑。

16.VirHostNet

http://virhostnet.prabi.fr/