1、項目前期可行性研究和科學論證問題
（1）在土地整理中，容易產(chǎn)生應付任務的現(xiàn)象。
（2）項目現(xiàn)狀圖測繪缺乏統(tǒng)一的規(guī)范，缺乏必要的驗收過程，尤其是采用現(xiàn)在測繪技術（GPSRTK）后，許多項目區(qū)在施工過程中很難找到必要的控制點作為施工依據(jù)。
（3）現(xiàn)狀項目前期工作缺乏可行性研究和科學的論證，存在著一定的盲目性，即便是有論證也是流于形式。
（4）項目區(qū)劃定不盡科學
項目區(qū)的劃定從提高地力，增加耕地等方面來說，部分項目的劃定不夠科學。有的項目區(qū)缺乏最基本的立項條件，如水源無保障，項目區(qū)內(nèi)水利骨干工程不具備等等。這主要是由于項目承擔單位在選定項目時，只考慮了當年的情況，而沒有形成一個整體規(guī)劃整理的思路。項目區(qū)劃定分散，彼此間不能夠緊密相連，為今后整理成為集中連片的耕地保護區(qū)，造成一定的困難，沒有發(fā)揮項目資金的最大效用。
項目承擔單位沒有認真，對項目區(qū)周圍的用地情況進行調(diào)查，沒有從長遠規(guī)劃角度進行考慮；項目劃定后，最終的實施還要靠，鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）政府及村委會的密切配合。個別鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）及村委會可能會由于項目實施過程中存在的協(xié)調(diào)村集體及村民等問題過于繁瑣，而不愿配合土地管理部門的工作，而使項目劃定的原有科學計劃不能實現(xiàn)，致使土地管理部門只能按照有條件實施項目的鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）依其愿望來劃定項目區(qū)。
2、項目規(guī)劃設計階段存在的問題
從近幾年的項目來看，乃至國家投資項目，規(guī)劃設計均存在深度不夠的問題。項目規(guī)劃不符合當?shù)剞r(nóng)業(yè)生產(chǎn)習慣，道路等建筑物的布置脫離實際地形情況不能滿足農(nóng)作物的生長要求，施工中的實際困難沒有全面考慮。出現(xiàn)這些問題，主要是由于以下幾方面的原因：
（1）測圖比例尺（丘陵1：2000，平原1：5000）不能滿足施工圖設計的要求；
（2）項目設計單位，沒有進入項目區(qū)內(nèi)的田間地頭及群眾當中，開展認真細致的調(diào)研工作。沒有摸清楚項目區(qū)的實際地形情況，沒有摸清楚項目區(qū)內(nèi)現(xiàn)有基礎設施的利用情況，沒有摸清楚項目區(qū)內(nèi)作物的生長需要，沒有認真走訪當?shù)剞r(nóng)民群眾；
（3）項目承擔單位，確定項目的時間過晚。項目承擔單位，往往在項目需要上報前的一個月或更短的時間內(nèi)才委托項目設計單位進行項目的可行性研究及規(guī)劃設計工作，為了不耽誤項目的正常上報，設計單位只能在這有限的時間內(nèi)完成規(guī)劃設計工作，自然造成規(guī)劃設計報告的質(zhì)量低劣，深度不夠；
（4）鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）政府不積極配合設計單位，進行項目前期的調(diào)研與踏勘工作，使得設計單位，只有憑借經(jīng)驗“閉門造車”。
3、項目實施階段存在的問題
（1）缺乏民眾的熱情，民眾對項目工作的理解認識不夠。
雖然知道這是一項民心工程，是政府為民眾辦實事的好事，但一涉及到個人利益的時候就會產(chǎn)生消極、被動、抵觸的情緒，難以讓民眾積極投入配合到這項工作上來，有的農(nóng)民甚至會在實施過程中提出一些無理的要求，土地整理項目在實施過程中，土地整理工程村民也能做，為什么一定要招投標讓外地人來做，群眾還有不同的意見等等，容易使組織實施者陷入被動狀態(tài)。
（2）項目規(guī)劃設計變更頻繁
產(chǎn)生項目設計變更的原因主要有以下幾個方面：
1）規(guī)劃設計深度不夠，設計報告等資料不能夠完全指導施工。這主要是由于項目設計單位，沒有認真或沒有時間勘察項目現(xiàn)場所致，沒有將設計與當?shù)氐膶嶋H自然情況和農(nóng)作物生長情況協(xié)調(diào)一致。施工單位拿到圖紙后，認為項目設計根本就是“紙上談兵”，沒有實際意義。如，某土地整理項目區(qū)設計的為井灌，在項目實施過程中，因項目區(qū)內(nèi)陸下水匱乏，打不出機井，不得已改井灌為庫灌，既浪費了人力物力，又延誤了工期，重新調(diào)整實施方案后，又未履行項目調(diào)整手續(xù)。結果在國家驗收中，這個縣被定性為擅自調(diào)整項目計劃。
2）項目投資不能滿足圖紙設計要求。自我國推行工程量清單計價以來，定額計價已逐漸退出造價市場，可是做為國家全成本投資項目，又不得不依據(jù)定額計價來確定項目投資。這幾方面直接導致了，項目預算批復投資與項目實際造價不符，項目工程實施存在資金不足等問題而致使項目設計進行變更；
3）項目所在鄉(xiāng)（鎮(zhèn)）政府在項目規(guī)劃時沒有征求當?shù)卮迕褚庖?，項目實施過程中遇到樹木和房屋等拆遷問題，村民要求補償，由于項目投資中沒有拆遷補償一項費用，而不得不變更原規(guī)劃設計而避開補償；
4）項目承擔單位及施工單位按原設計圖紙施工無利可圖，便在未報原項目批準單位申請項目變更的情況下按照承擔單位自己的想法進行項目建設，項目建設完工后再補報項目變更設計。
（3）項目個別投資費用分配比例不合理
1）項目勘測費、工程監(jiān)理費
土地整理項目規(guī)定嚴格的項目勘測費、工程監(jiān)理費費率，其費基為工程施工費。首先說勘測費，這種以工程投資來確定勘測費的方法是存在弊端的。因為，項目區(qū)地形圖的勘測，其工作只與項目區(qū)的地形復雜程度及面積等方面因素有關，而與項目區(qū)建設什么工程，工程投資多少沒有直接關系。而土地整理項目按費率取費后，直接造成項目勘測費低于國家測繪局所規(guī)定的標準，造成勘測單位不愿意參與土地整理項目的勘測工作或者將測繪工作簡單化，地形圖測繪成果粗糙，給設計單位帶來不可避免的麻煩和設計中的誤差。其次，工程監(jiān)理費，工程監(jiān)理費的取費方法雖然沒有什么不合理的地方，但是監(jiān)理費的費率過低，而使得監(jiān)理單位不愿意參與土地整理項目的監(jiān)理工作。這樣就出現(xiàn)了監(jiān)理單位在項目開工時來一次現(xiàn)場，項目竣工時再來一次的不負責任工作的現(xiàn)象，或者，出現(xiàn)直接由項目施工方出錢“請監(jiān)理”的作法，最終造成監(jiān)理單位“形同虛設”。這些都是在工程施工中所不允許的，而在土地整理項目中卻有發(fā)生。
2）土地整理投入多少不是按項目建設需要來確定，而是按投入的資金來確定任務。因此，難免會造成工程建設的質(zhì)量和數(shù)量達不到群眾的期望。有些土地整理項目實施時，有些地方的溝渠路因經(jīng)費有限，未作規(guī)劃設計，在具體實施過程中當?shù)厝罕娂娂娞嵋蠼o予增加工程。
3）缺少規(guī)范的管理依據(jù)和手段，難以確保項目質(zhì)量和數(shù)量，容易產(chǎn)生投機取巧、偷工減料的現(xiàn)象。資金管理未能完全形成一個系統(tǒng)，尚有待于建立健全，未能實行項目法人制，對資金的投入管理未實行按項目管理。
4、竣工驗收階段存在的問題
竣工驗收是項目工程建設過程中的最后一環(huán)，是全面考核建設成果、檢驗設計和建設質(zhì)量的重要環(huán)節(jié)，也是項目從建設轉(zhuǎn)入生產(chǎn)的標志。土地整理項目至今通過項目驗收的數(shù)量并不是很多，這主要是由于前幾年項目沒有嚴格按照圖紙實施，或項目變更申請沒有批復等。但最重要原因是至今沒有形成一個統(tǒng)一的具有指導性的項目竣工驗收規(guī)程，使得項目承擔單位和國土資源分局不知如何組織項目的竣工驗收工作。比如，竣工報告的書寫，審計單位的委托和審計報告的書寫，分局初驗的組織等等，均沒有一個成文的較為詳盡的規(guī)程來指導。
