之前寫過幾篇博客，介紹植物育種數(shù)據(jù)中，如何計算廣義遺傳力，本次博客計劃系統(tǒng)的介紹一下。所謂系統(tǒng)，就是包括：數(shù)據(jù)，代碼，結(jié)果解讀和重演。確保看到即學(xué)到，學(xué)到能用到。
「系列內(nèi)容：」
本次博文為第一篇，歡迎點贊，轉(zhuǎn)發(fā)，發(fā)朋友圈！
這種試驗符合田間試驗設(shè)計的基本原則：重復(fù)、隨機、局部控制，應(yīng)用廣泛。
「數(shù)據(jù)格式：」
?8個品種，重復(fù)4次，分析4個性狀。
?
遺傳力計算中，文獻中有兩種方法：
這里，我們使用第二種，即殘差的方差組分不進行重復(fù)數(shù)的矯正。
「R代碼：」
dat = read.xlsx("d:/RCBD-dat.xlsx")
dat$Trt = as.factor(dat$Trt)
dat$Rep = as.factor(dat$Rep)
mod = aov(y1 ~ Trt + Rep, data=dat)
「方差分析表：」
MSv = 146.28
MSe = 13.8
「根據(jù)公式：」
Vg = (146.28-13.8)/4 = 33.12 Ve = Mse = 13.8
遺傳力為：h2 = Vg/(Vg+Ve) = 33.12/(33.12+13.8) = 0.7058824
注意，這里的遺傳力，為廣義遺傳力。
混合線性模型，可以直接估算方差組分Vg和Ve，一步到位。
「代碼：」
library(asreml)
mod2 = asreml(y1 ~ Rep,random = ~ Trt, data=dat)
summary(mod2)$varcomp
「方差組分：」
「計算遺傳力：」
asreml中，可以用vpredict函數(shù)計算遺傳力，同時會給出遺傳力的標(biāo)準(zhǔn)誤。
vpredict(mod2,h2 ~ V1/(V1+V2))
「數(shù)據(jù)：」
「模型：」
模型：
使用半同胞模型（或者公畜模型），直接計算遺傳力。
單地點完全隨機區(qū)組（RCBD）計算遺傳力，可以通過方差分析，間接的計算方差組分，然后計算遺傳力；也可以通過混合線性模型，將品種作為隨機因子，直接計算方差組分，計算遺傳力。
計算軟件：R語言和Genstat。Genstat是窗口化軟件，不用編程，通過鼠標(biāo)點擊的形式完成分析，學(xué)習(xí)成本較低。
?注意，Genstat和ASReml為收費版軟件，如果想要使用，可以申請免費試用：http://www.vsnc.com.cn/
?
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