明朝的首都最初是南京。
朱元璋在至正二十八年正月初四（1368年1月23日），在應天府（南京）登基即位，建國號大明，年號洪武，是為“明太祖”。
那么到底是什么吸引了朱元璋，讓他把首都定在南京的呢?
其一，自1356年朱元璋攻克集慶，將其改為應天府，并自稱吳國公，進而吳王。至1368年稱帝，朱元璋在應天已經(jīng)經(jīng)營了13年。
其二，從財政經(jīng)濟方面來看，宋元時期中國的經(jīng)濟中心和重心已經(jīng)逐漸南移，“天下財富出于東南，而金陵為其會”。
其三，自宋元以后，中國的文化中心也已經(jīng)轉(zhuǎn)移到南方來。
而在正式定都南京之前，朱元璋和他的大臣也曾經(jīng)考慮過在其他城市建都，比如汴梁(今開封)、長安(今西安)等。
因為南京偏于東南，又有長江之隔，對控制全國極為不利。
為解決南京地域上的缺陷，朱元璋開始考慮在南京北邊臨近中原的地方建座都城。
于是朱元璋借鑒古代南北二京制度，以應天為南京，汴梁為北京，在中間建一個中都，這個中都就是朱元璋的家鄉(xiāng)臨濠（鳳陽）。
洪武二年(1369年)九月，朱元璋正式下詔以鳳陽為大明的中都。但到洪武八年(1375年)，朱元璋突然宣布停止中都的營建。
關(guān)于停建原因，歷來莫衷一是。
《明史》中說是劉伯溫認為鳳陽地理形勢不佳，實際的原因可能是——
朱元璋在中都的營建中看到了鄉(xiāng)黨勢力對皇權(quán)的潛在威脅。
在營建中都的決策過程中，贊成的幾乎都是跟隨朱元璋從鳳陽一帶出去打天下的文臣武將，朱元璋感到，一旦正式在這里建都，這些淮西功臣就會利用家鄉(xiāng)盤根錯節(jié)的宗族、鄉(xiāng)里關(guān)系拼命地擴大其個人勢力，從而對他和他的皇權(quán)構(gòu)成威脅。
于是 ，在洪武十一年(1378年)，朱元璋正式下詔，以南京為京師，開封則罷京為府。
然而都城一事并未塵埃落定。時隔10多年，也就是洪武二十四年(1391年)，朱元璋又開始考慮遷都。
為什么朱元璋搖擺不定？原因有三。
其一，南京雖定為都城，但中國的政治中心一直在北方，建都南京有偏安性質(zhì)。
其二，此時北方元朝殘余勢力仍虎視中原，伺機南下，建都南京有鞭長莫及的感覺。
其三，明皇宮是填燕雀湖而成，地勢下沉，朱元璋認為這對子孫后代不利。
洪武二十四年（1391年），年近古稀的朱元璋派太子朱標前往關(guān)中地區(qū)，考察長安。
然而朱標一路車馬勞頓，回來以后竟一病不起，第二年就辭世了。
悲痛欲絕的朱元璋打消了遷都的念頭。
在太子去世的那年，朱元璋在《祭光祿寺灶神文》中，表達了自己萬般無奈的心情：“朕經(jīng)營天下數(shù)十年，事事按古就緒。惟宮城前昂后洼，形勢不稱。本欲遷都，今朕年老，精力已倦，又天下初定，不欲勞民。且興廢有數(shù)，只得聽天。惟愿鑒朕此心，福其子孫?！?/p>
雖然沒有遷都，但朱元璋在位期間，對定都南京可能帶來的負面影響，還是作了適當補救。
例如針對歷代北方少數(shù)民族的南下問題，朱元璋作了一系列的布置和預備：明軍北伐，趕跑了元順帝，讓大將徐達鎮(zhèn)守北京。
徐達死后，朱元璋又派自己的四兒子朱棣駐守北京。
令朱元璋萬萬沒有想到的是，在他死后，四兒子朱棣起兵造反，用了4年的時間打到南京，從朱元璋的孫子——建文帝朱允炆手中奪取了天下，最終將大明王朝的都城遷到了北京。
建文四年(1402年)，朱棣攻破京師，在南京即皇帝位，仍居于南京故宮中，但同時下令以北平(今北京)為行在（天子所在的地方，準首都），準備遷都。
永樂四年(1406年)，朱棣正式下令營建北京宮殿。
永樂十八年(1420年)，北京故宮基本竣工。
永樂十九年(1421年)正月初一正式遷都北京，以北京為京師，但仍然保留了南京的都城地位，并保留了一套中央機構(gòu)。北京所在府為順天府，南京所在府為應天府，合稱二京府。
為什么朱棣遷都北京？主要原因有四。
其一，南京地形防御不利。
其二，北方韃靼和蒙元的殘余勢力是最大的威脅，有利于對其控制。
其三，朱棣本人的勢力也在北方，自1380年就藩燕京至1402年在南京即皇帝位，朱棣在北京已22年。
其四，朱棣從侄兒建文帝手中奪得皇位，遷都北京可以轉(zhuǎn)移人們的對他皇位質(zhì)疑的注意力，而且可以避開支持建文帝的民眾。
朱棣遷都到北京僅三年就去世了。
1424年，朱棣的長子、朱高熾繼位了，史稱明仁宗。
朱高熾繼位后不久，就設(shè)南京守備，并派他信任的將軍和宦官去指揮，接著宣布將遷都南京，北京還稱行在。
《明史·仁宗》載:朱高熾"洪熙元年三月戊戌，將遷都南京，詔北京諸司悉稱行在……四月壬子，命皇太子(即朱瞻基)謁孝陵，遂居守南京。"
為什么朱高熾要把首都遷回南京？
其一，朱高熾生性端重沉靜，喜好讀書，不像其父朱棣好武。北京靠近邊境，一旦邊境有警，北京總會被卷入進去，形成緊張氣氛。
其二，當時的政治中心北京與經(jīng)濟、文化中心南京不相疊合，遷都北京雖然解決了軍事上御敵等方面的一些問題，但也給朝廷監(jiān)理全國帶來了其他不少棘手的問題。如維持北方首都的費用不但大大地增加了中國東南的負擔，也使各政府部門難以應付。
其三，朱高熾長時間作為太子在南京監(jiān)國，對虎踞龍蟠之地情有獨鐘。
朱高熾似有歸心似箭的感覺，盡管南京地區(qū)有地震的報告，但皇帝的返回和他朝廷的南遷勢在必行。
然而上天沒有給他這個機會。
永樂二十二年(1424年)九月七日朱高熾正式登基。
洪熙元年(1425年)四月十六日，他定北京所有政府部門為行在。于是南京又成為了明王朝名義上的京師。
洪熙元年(1425年)五月一日，即半個月后，他派皇太子朱瞻基到南京去拜謁朱元璋的皇陵，并留在那里負責。
洪熙元年(1425年)五月二十九日。朱高熾猝死于宮內(nèi)欽安殿。
朱高熾謚號“仁宗”，“仁”有蓄義豐功、慈民愛物、貴賢親親、利澤萬世之意。
臨死前，朱高熾還是對遷都之事念念不忘，其遺詔道:"南北供億之勞，軍民俱困。四方仰咸南京，斯也吾之素心。"
然而，兒子明宣宗朱瞻基繼位后，沒有完成父親的心愿，雖然北京仍稱行在，但把還都南京的方案擱置了。
因為朱瞻基與爺爺朱棣更親近，對偏向北方的政策也不那么討厭。
經(jīng)過了明宣宗朱瞻基十一年的執(zhí)政，順天府（北京）為整個大明王朝的政治中心的統(tǒng)治體系已經(jīng)健全，不但絕大部分的朝廷重臣也都生活在順天府，皇帝的都城紫禁城也在順天府建好投入使用良久。如此情況，再想要還都應天府，已不切實際。
1435年，朱瞻基死后，長子明英宗朱祁鎮(zhèn)繼位，不久，正式宣布北京恢復京師地位，南京仍恢復為留都。
糾結(jié)了近70年的大明王朝首都問題，終于塵埃落定了。
