書接上回。
上回講了啥？請看 如果導師丟給你一個基因讓你去研究，不妨試一下這兩個五分的套路（上）
今天要講的是一篇發(fā)表于Frontiers in Immunology的文章，影響因子 5.511
標題：LAYN Is a Prognostic Biomarker and Correlated With Immune Infiltrates in Gastric and Colon Cancers.
我們簡單看一下key words：LAYN/Biomarker/Immune Infiltrates
大概講什么，心里有數(shù)了吧，這是一篇LAYN作為預后生物標志物在胃癌和結直腸癌中與免疫浸潤關系分析的文章。
主要分析步驟如下：
1.首先利用Oncomine數(shù)據(jù)庫分析LAYN基因在各個腫瘤中的表達差異情況，我們發(fā)現(xiàn)在乳腺癌，結腸直腸癌，胃癌，腎癌，胰腺癌和淋巴瘤腫瘤中的LAYN表達更高，在膀胱癌，乳腺癌，結腸直腸癌，頭頸癌，肺癌，卵巢癌和前列腺癌中觀察到較低的表達，進一步的利用TCGA數(shù)據(jù)庫的RNAseq數(shù)據(jù)分析驗證了一遍，也觀察到類似的現(xiàn)象。
2.再看一下LAYN基因與預后的關系，我們利用PrognoScan、GEPIA等在線工具分別分析了LAYN在各個腫瘤中的預后差異，我們發(fā)現(xiàn)LAYN表達顯著影響5種癌癥的預后，包括結腸直腸癌，乳腺癌，眼癌、卵巢癌和胃癌。
3.我們具體的分析了一下胃癌樣本中LAYN基因表達與臨床特征的關系，我們發(fā)現(xiàn)LAYN的過度表達與男性和女性患者的OS和PFS惡化以及兩種Lauren分類和分化相關（P <0.05），高LAYN表達在四個淋巴結轉移類別中具有最高的OS N和PFS的N 1值。這些結果表明LAYN表達水平可影響胃癌淋巴結轉移患者的預后。
4.腫瘤浸潤性淋巴細胞是在癌癥前哨淋巴結狀態(tài)和存活的獨立預測因子，我們研究了LAYN表達是否與不同類型癌癥中的免疫浸潤水平相關，首先我們從TIMER數(shù)據(jù)庫下載了39種癌癥的六種免疫浸潤細胞的得分數(shù)據(jù)，分別分析了LAYN表達與這些免疫細胞得分的相關性，發(fā)現(xiàn)在CODA和STAD中，LAYN表達水平與CD8+ T cells 、CD4+ T cells、macrophages 、neutrophils和DCs 有顯著正相關。
5.既然在CODA和STAD中LAYN表達于免疫細胞這么相關，我們便找來一些其他已報到的免疫浸潤相關的基因集，看看這些基因集與LAYN的相關性，結果顯示LAYN表達水平與各種免疫細胞和COAD和STAD中不同T細胞的大多數(shù)免疫標記物組顯著相關。
到這里就結束了，相信這兩個方法，加上我們之前解讀的一些方案，一定能讓你在單基因研究上有所感悟....(下面還有精彩內容)
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