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很多網(wǎng)友跟我們說，天天被KEGG虐，不知道一些符號代表的含義，還不知道怎么找pathway。我們也是操碎了心。其實KEGG除了主體功能pathway之外，還有一些非常好用的在線工具。
今天我們先來科普KEGG數(shù)據(jù)庫的基本知識，后續(xù)我們會陸續(xù)分享上面的在線工具使用哈。
KEGG數(shù)據(jù)庫的內(nèi)容很多，核心是KEGG pathway。數(shù)據(jù)均來自文獻，通過手繪路徑圖集。
如上圖，KEGG除了核心內(nèi)容pathway，還有對數(shù)據(jù)庫的信息分類（如，Brite），或pathway的組成元件的信息（Module、orthology）。
這些信息往往會交叉出現(xiàn)。
我們以“生物素合成酶”為例：
看上面這個圖，注意到這些藍色小字，為什么有些是K開頭的，有些是KO開頭的，還有些是M或者C開頭的，很神煩dei不dei？我們來解釋一下：
1、K num（基因ID號，表示在所有同源物種中具有相似結構或功能的一
類同源蛋白）。
如K01012=>生物素合成酶（備注：K建議大寫）
2、ko num（代謝通路名稱，表示一個特定的生物路徑）
如：ko0078 => 生物素代謝通路 （備注：ko小寫）
3、M num(模塊名稱）
M00123 => 生物素合成模塊
4、C num（化合物名）
如C00120：生物
5、E -.-.-.-(酶名）
EC2.1.1.116 => 生物素合成酶（其實也就是k01012）
6、R num(反應名)
7、RC num(反應類型）RP num（反應物質(zhì)對）
m開頭。這些模塊往往是pathway的重要組成部分（但也只是一部分）。包括:路徑模塊、結構復合物、功能集、信號模塊等。
這里的模塊展示的就是生物合成的過程（上），相當于這個pathway的局部地圖（簡化版）。
KEGG中，信息的層級分類系統(tǒng)，KEGG會從不同的角度分層級。如下圖，從pathway，modues和Enzynes三個角度，分析了這個基因的從屬關系。
從酶的角度考慮，這個酶屬于轉(zhuǎn)移酶的大類，更次級的分類是巰基轉(zhuǎn)移酶….這樣層層分類，來展現(xiàn)這個酶的信息。
另外，界面還包括了這個基因在不同物種中的信息，前三個字母是這個物種拉丁名的簡寫，例如ATH代表擬南芥。
