在生物信息中會出現很多的特殊名詞，從這次內容開始，我們將逐漸推送一些生物信息相關的一些名詞解釋。
進化：在生殖過程中，遺傳物質發(fā)生重組和突變，使親代和子代以及子代不同個體之間出現變異的現象稱為進化（evolution)。
微進化：又稱種內進化(microevolution),是由突變,遺傳漂變,基因流和自然選擇導致的等位基因頻率的改變。
趨同進化：convergent evolution，不同的生物，在相同或相似的環(huán)境條件下，逐漸具有相似性狀的進化過程。
平行進化：parallel evolution，來自共同祖先的兩個生物類群，在不同生態(tài)環(huán)境中產生性狀分異，后又因生活于相似生態(tài)環(huán)境而產生相似性狀的進化方式。
遺傳漂變（genetic drift）：對于所有有限大小的種群來說，由于小樣本抽樣的基因數量有限而導致種群的等位基因頻率在世代間發(fā)生變化的現象
遺傳重組 genetic recombination ：指分別來自兩個親本的基因連鎖群間所產生的交換，形成兩個親本所沒有的連鎖群組合，產生具有重組性狀的后代（重組體）的現象。
Ka/Ks：在遺傳學中，Ka/Ks或者dN/dS表示的是異義替換（Ka）和同義替換（Ks）之間的比例。這個比例可以判斷是否有選擇壓力作用于這個蛋白質編碼基因。異義替換導致氨基酸的改變，而同義替換由于密碼子雖然改變，但是仍舊對應的是同一氨基酸。由于異義替換往往對于生命體有害，所以在純化選擇的作用下，異義替換常常會在群體中被逐漸消滅。
進化樹：英文Evolutionary Trees。在生物學中，用來表示物種之間的進化關系，又稱“系統(tǒng)樹”、“系譜樹”。生物分類學家和進化論者根據各類生物間的親緣關系的遠近，把各類生物安置在有分枝的樹狀的圖表上，簡明地表示生物的進化歷程和親緣關系。
分子樹(molecular tree)：依據分子數據構建的反映分子系統(tǒng)發(fā)育的樹。
系統(tǒng)發(fā)生樹（英文：Phylogenetic tree）：又稱為演化樹（evolutionary tree），是表明被認為具有共同祖先的各物種間演化關系的樹。是一種親緣分支分類方法（cladogram）。在樹中，每個節(jié)點代表其各分支的最近共同祖先，而節(jié)點間的線段長度對應演化距離（如估計的演化時間）。
基因樹(Gene tree): 當一個分子系統(tǒng)樹是根據某一個基因數據構建而來的,稱為基因樹.
物種樹(Species tree): 是指代表一組物種進化過程的系統(tǒng)樹，映物種實際種系發(fā)生的樹
MP 最大簡約法（maximal parsimony）：假設4種核苷酸或者20中氨基酸可以突變?yōu)榕c其自身不同的任何一種，這樣對于任何一個給定的拓樸結構，可以推斷每個位點的祖先狀態(tài)。對這一拓樸結構，可以計算出用來解釋整個進化過程所需核苷酸或者氨基酸的最小替代數。對所有可能正確的拓樸結構進行這種計算，并挑選出所需替代數最小的拓樸結構作為最優(yōu)系統(tǒng)樹。
NJ 鄰接法（neighbour joining）：是距離法中的一種，這種方法并不檢驗所有可能的拓樸結構，但在物種聚合時要應用最小進化原則。
ML 最大似然法（ maximal likelihood ）：在ML法中，以一個特定的替代模型分析既定的一組序列數據，使所獲得的每一個拓樸結構的擬自然率最大，挑選出其中擬自然率最大的拓樸結構作為最終樹。
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