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最近，小編在PUBMED上面發(fā)現(xiàn)一篇文章，就迫不及待的分享給小伙伴們~
文章的題目也分享給小伙伴們~
下圖是這篇文章介紹TISIDB網(wǎng)站時(shí)候的配圖，話說(shuō)TISIDB整合了五大數(shù)據(jù)庫(kù)的數(shù)據(jù)資源，對(duì)每個(gè)基因進(jìn)行十種分析與注釋?zhuān)瑝虮聘窳税桑?/span>
下面，開(kāi)始我們今天愉快的體驗(yàn)~
進(jìn)入官網(wǎng)：http://cis.hku.hk/TISIDB/。主頁(yè)如下圖所示，該網(wǎng)站只需要我們?cè)谟蚁陆撬阉骺騼?nèi)輸入研究基因，本帖以CD47為例，點(diǎn)擊提交。
跳轉(zhuǎn)界面后，點(diǎn)擊CD47基因名。
接下來(lái)就進(jìn)入網(wǎng)站的分析界面了
第一個(gè)菜單是基因功能注釋，包括三個(gè)方面：
> Subcellular Location, Domain andFunction(亞細(xì)胞定位、結(jié)構(gòu)域和功能)
> Gene Ontology(GO)
> KEGG and Reactome Pathway（KEGG）
頁(yè)面下拉即可查看~
第二個(gè)菜單是文獻(xiàn)：
可以看到紅色方框里面的五大數(shù)據(jù)庫(kù)，下拉頁(yè)面是該網(wǎng)站引用的來(lái)自數(shù)據(jù)庫(kù)中的證據(jù)。
第三個(gè)菜單：CD47的高通量篩選數(shù)據(jù)集。
第四個(gè)菜單：免疫治療。
下拉頁(yè)面，第一個(gè)圖是各種數(shù)據(jù)集中免疫治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間CD47的表達(dá)差異。
第二個(gè)圖是各種數(shù)據(jù)集中免疫治療應(yīng)答者和非應(yīng)答者之間CD47的突變差異。
第五個(gè)菜單：淋巴細(xì)胞
人類(lèi)癌癥中CD47表達(dá)與免疫抑制劑之間的Spearman相關(guān)性。下拉箭頭所指，可以看拷貝變異數(shù)、甲基化、突變情況與免疫抑制劑之間的Spearman相關(guān)性。
其中X軸是腫瘤類(lèi)型，Y軸是各種淋巴細(xì)胞。
下面我們以胰腺癌為例，X軸選胰腺癌，Y軸選Act_CD4，點(diǎn)擊Plot，則可看到胰腺癌中CD47與Act_CD4的相關(guān)性分析，如下圖右下所示。
第六個(gè)菜單：免疫調(diào)節(jié)劑。包括：免疫增強(qiáng)劑、免疫抑制劑、MHC分子
分別查看胰腺癌中免疫調(diào)節(jié)劑與CD47表達(dá)的相關(guān)性。
第七個(gè)菜單：趨化因子。包括趨化因子和受體
分別查看胰腺癌中趨化因子和受體與CD47表達(dá)的相關(guān)性。
第八個(gè)菜單：亞型。包括免疫亞型和分子亞型
第一幅圖中左圖是人類(lèi)癌癥中免疫亞型中CD47表達(dá)的分布。右圖是在胰腺癌中不同免疫亞型中CD47的表達(dá)情況。
第二幅圖中左圖是人類(lèi)癌癥中分子亞型中CD47表達(dá)的分布。右圖是在胰腺癌中不同分子亞型中CD47的表達(dá)情況。
第九個(gè)菜單：臨床。包括OS分析，腫瘤分期、分級(jí)
第一幅圖左側(cè)是CD47表達(dá)的各種腫瘤中的生存時(shí)間的分布，右側(cè)是是胰腺癌中CD47表達(dá)差異的OS生存曲線。
第二幅圖左圖是具有分期數(shù)據(jù)的各種腫瘤中CD47表達(dá)的分布。右圖是胰腺癌分期與CD47表達(dá)的相關(guān)性分析。
第三幅圖左圖是具有分級(jí)數(shù)據(jù)的各種腫瘤中CD47表達(dá)的分布。右圖是胰腺癌分級(jí)與CD47表達(dá)的相關(guān)性分析。
第十個(gè)菜單：藥靶
CD47基因在該網(wǎng)站上無(wú)用藥情況。我們不妨換個(gè)基因看看，比如MYC基因。
結(jié)果如下，可以看到以MYC為靶點(diǎn)的藥物是圖中以黑色方框來(lái)表示，綠色方框則是該藥物的其他靶點(diǎn)。
最后總結(jié)一下TISIDB網(wǎng)站的優(yōu)勢(shì)，數(shù)據(jù)來(lái)源于五大數(shù)據(jù)庫(kù)，可進(jìn)行十項(xiàng)分析，為用戶提供了一個(gè)友好的界面，可以瀏覽，搜索和下載數(shù)據(jù)。TISIDB宣稱(chēng)數(shù)據(jù)來(lái)自2530種出版物的4176條記錄，這些出版物報(bào)告了988種與抗腫瘤免疫相關(guān)的基因。其次，它通過(guò)高通量篩選和基因組分析數(shù)據(jù)來(lái)鑒定與腫瘤細(xì)胞免疫細(xì)胞浸潤(rùn)相關(guān)的基因。再者，其預(yù)先計(jì)算了30種TCGA癌癥類(lèi)型的多個(gè)基因和免疫特征之間的關(guān)聯(lián)，例如淋巴細(xì)胞，免疫調(diào)節(jié)劑和趨化因子。
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