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今天小編將為大家介紹兩個(gè)功能富集分析網(wǎng)頁(yè)版工具——DAVID和Metascape網(wǎng)站，這兩個(gè)都是專注于基因功能注釋和富集通路分析的網(wǎng)站。
DAVID網(wǎng)站
界面介紹
先看第一個(gè)網(wǎng)站——DAVID網(wǎng)站，官方網(wǎng)址為：https://david.ncifcrf.gov/。輸入網(wǎng)址后進(jìn)入網(wǎng)站主頁(yè)，DAVID網(wǎng)站左側(cè)區(qū)域是其四個(gè)常用的工具，而常用的是功能注釋和ID轉(zhuǎn)換工具。
操作步驟
首先介紹DAVID網(wǎng)站的功能注釋工具，點(diǎn)擊“Functional Annotation”，在Step1中輸入我們準(zhǔn)備好的20個(gè)差異基因，按照步驟輸入。值得注意的是，DAVID網(wǎng)站的基因輸入首先不能是單個(gè)基因，單個(gè)基因富集不到有意義的通路或者功能；DAVID網(wǎng)站的gene list限制輸入不超過(guò)3000個(gè)基因；輸入格式是每行一個(gè)基因名或者基因名用逗號(hào)隔開。
Step2中選擇'OFFICIAL_GENE_SYMBOL', Step3中選擇'Gene list'。
點(diǎn)擊提交列表，跳轉(zhuǎn)界面。
點(diǎn)擊“Gene_Ontology”進(jìn)行GO分析(基因本體論)，也就是對(duì)基因進(jìn)行功能注釋，勾選GO分析的三個(gè)參數(shù)：BP（生物學(xué)過(guò)程），CC（細(xì)胞組分），MF（分子功能）。
點(diǎn)擊BP后面的“Chart”。
然后點(diǎn)擊“Download File”,下載GO分析BP的數(shù)據(jù)，跳轉(zhuǎn)頁(yè)面。
全選后粘貼，保存在一個(gè)txt文件里面，用EXCEL打開查看如下。
同樣的方法下載GO分析的CC、MF數(shù)據(jù)，保存在TXT文檔里面。
例如本帖選擇基因功能富集數(shù)量最多五個(gè)(數(shù)量相等情況下根據(jù)P-Value值選擇)做條形圖，最簡(jiǎn)單的方法是使用EXCEL來(lái)做，準(zhǔn)備一個(gè)EXCEL表格，將GO號(hào)和count數(shù)據(jù)放在表格里面。
選中新建的列表，點(diǎn)擊插入-圖表-條形圖-堆積條形圖。
點(diǎn)擊確定，保存圖片，即可得到在文獻(xiàn)中很常見的條形圖。
GO的分析已完成，接著找到“Pathways”,選擇KEGG_PATHWAY。
同樣點(diǎn)擊 Chart。
點(diǎn)擊其中一條通路的Term，查看通路圖。
點(diǎn)擊“Download File”，下載KEGG分析的數(shù)據(jù)，保存在TXT文檔中，EXCEL打開如圖。
根據(jù)富集基因數(shù)量制作一張堆積條形圖。
下拉頁(yè)面我們可以看到三個(gè)選項(xiàng)，點(diǎn)擊中間的選項(xiàng)。
可以查看所有的GO和KEGG分析結(jié)果。
DAVID常用的第二個(gè)功能是基因ID轉(zhuǎn)換，點(diǎn)擊“Gene ID Conversion”。
例如本帖選擇一列基因ID輸入step1中。
其余步驟與前述相同。
在Option1中選擇“OFFICIAL_GENE_SYMBOL”，點(diǎn)擊提交。
跳轉(zhuǎn)界面后，點(diǎn)擊框內(nèi)紅色箭頭。
最終，基因ID便轉(zhuǎn)換為基因名稱了，點(diǎn)擊下載保存，基因轉(zhuǎn)換率為100%，當(dāng)然，當(dāng)基因ID數(shù)量較多時(shí)候，可能轉(zhuǎn)換率就達(dá)不到100%了。
寶貝評(píng)價(jià)
DAVID網(wǎng)站還是比較簡(jiǎn)單的，操作起來(lái)也不麻煩，但它的功能卻是相當(dāng)強(qiáng)大的，讀過(guò)生信文獻(xiàn)的小伙伴，應(yīng)該不少看到DAVID的身影。但是這里吐槽一點(diǎn)~DAVID數(shù)據(jù)更新稍慢一點(diǎn)，其實(shí)也不影響我們的生信分析。
Metascape網(wǎng)站
今天為大家介紹的另一個(gè)強(qiáng)大的數(shù)據(jù)庫(kù)是Metascape網(wǎng)站，它是如何強(qiáng)大的呢？第一，三步完成基因分析；第二，一次分析即可完成GO、KEGG和PPI；第三，數(shù)據(jù)更新快，覆蓋廣，整合了多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)的資源。
直奔官網(wǎng)去吧~(http://metascape.org/)。
界面介紹
界面介紹沒(méi)有太多可說(shuō)的，因?yàn)镸etascape官網(wǎng)的界面十分簡(jiǎn)潔清晰，左側(cè)的數(shù)據(jù)分析欄，右側(cè)信息公告欄，右上角是網(wǎng)站提供的一些幫助文件和小工具(直接下拉查看吧)，頁(yè)面下拉，有關(guān)于Metascape的視頻介紹和Metascape引用的一些雜志的信息。
數(shù)據(jù)分析
傻瓜式的三步~
Step1:輸入基因，有兩種方式，本地文件導(dǎo)入或者粘貼gene list，右側(cè)我們可以看到Metascape支持xls/xlsx，CSV，txt三種格式。
需要提醒一下，本地輸入時(shí)候別忘記勾選“Multiple Gene List”選項(xiàng)了哦！
例如粘貼好100個(gè)差異基因，點(diǎn)擊Submit。
Step2:選擇物種，選擇H.sapiens人類，可以看到Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)中還包含了其他物種的信息。
Step3:進(jìn)行分析，選擇“Express Analyze”或“Custom Analyze”都可以。
點(diǎn)擊后跳轉(zhuǎn)頁(yè)面。
結(jié)果解讀
首先看點(diǎn)擊“Express Analyze”后的結(jié)果界面，對(duì)于分析結(jié)果，可以輸出在EXCEL表格里面；圖片可以顯示在PPT模板中；也可以是一個(gè)壓縮的文件夾。
Figure 1 : 功能富集分析的結(jié)果圖
Table 1: TOP20的聚類分析表
Figure 2: 富集網(wǎng)絡(luò)圖，左側(cè)是根據(jù)gene ID進(jìn)行的聚類，右側(cè)是根據(jù)P-Value進(jìn)行的聚類，圖片下方有保存的方式。
Figure 3 : PPI聚類功能模塊分析圖。
再看看點(diǎn)擊“Custom Analyze”后的結(jié)果。
ID Conversion: 這是個(gè)gene ID的轉(zhuǎn)換工具，哈哈，又學(xué)習(xí)了一種GENE ID轉(zhuǎn)換的方法。Metascape支持gene ID、genesymbol的輸入，在數(shù)據(jù)分析過(guò)程中，可以自動(dòng)轉(zhuǎn)換識(shí)別。
Annotation: 選擇不同的功能注釋條目后，點(diǎn)擊Apply后進(jìn)行查看。
Membership: 主要是針對(duì)用戶自行搜索的一個(gè)欄目，比如輸入pathway后，點(diǎn)擊Search，再點(diǎn)擊Apply。
Enrichment: 對(duì)于富集分析的參數(shù)及cut-off值可以進(jìn)行更改設(shè)置，然后點(diǎn)擊“Enrichment Analyze”進(jìn)行分析，結(jié)果和點(diǎn)擊“Express Analyze”后的結(jié)果是一致的。
寶貝評(píng)價(jià)
Metascape數(shù)據(jù)庫(kù)用起來(lái)還是不錯(cuò)的，做基因功能注釋絲毫不差于DAVID網(wǎng)站，最主要的是網(wǎng)站更新較快，操作簡(jiǎn)單。想做功能注釋的小伙伴，趕緊行動(dòng)起來(lái)吧！
End
排版：小丸子
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