KEGG數(shù)據(jù)庫是日本京都大學生物信息學中心的Kanehisa實驗室于1995年建立的，是系統(tǒng)分析基因功能的數(shù)據(jù)庫，它將基因組的信息與基因功能聯(lián)系起來，旨在揭示生命現(xiàn)象的遺傳與化學藍圖。
KEGG數(shù)據(jù)庫中最核心的為KEGG PATHWAY和KEGG ORTHOLOGY數(shù)據(jù)庫。在KEGG ORTHOLOGY數(shù)據(jù)庫中，將序列高度相似且行使相似功能的基因聚為一類，稱為Orthology Group（KO entries）。KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫，收錄了人工手繪的通路圖，重點呈現(xiàn)了分子間相互作用和分子間互作網絡。主要將生物代謝通路分為三個層次，一級分類分別為：新陳代謝、遺傳信息處理、環(huán)境信息處理、細胞過程、生物體系統(tǒng)、人類疾病和藥物發(fā)展。每個一級分類下又分為二級分類和三級分類，二級分類共包括57個子pathway。三級分類是每個二級分類下的通路圖。
圖1 KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫截圖
輸入KEGG PATHWAY網址：http://www.genome.jp/kegg/pathway.html 頁面中顯示一級和二級分類，點擊一級分類“Metabolism”，會自動跳轉到“Metabolism”下的二級分類和三級分類。
圖2 KEGG PATHWAY 二級分類和三級分類
點擊二級分類下的“00020 Citrate cycle（TCA cycle）”進入界面如下：
圖3 KEGG 通路圖
下拉框中可選參考物種，目前包括兩種類型的pathway圖，一種為reference pathway，是根據(jù)已有知識繪制的，圖中的框都是無色的，另一種為species-specificpathway，是特定物種的pathway，圖中會用綠色標出該物種中特有的基因與酶。將鼠標放在通路圖的圓圈處會顯示該化合物的編號、名稱及分子結構。
KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫主要是通過繪制通路圖來呈現(xiàn)分子間的相互作用關系，有時通路圖中的基因并不都是我們想要的，就需要一款工具來構建特定基因間的網絡。當然，最好是圖形化、傻瓜式的，因為小編是生信小白。
博奧晶典開發(fā)的晶典云數(shù)據(jù)分析平臺，是一個傻瓜式、支持共享和協(xié)作分析的工具，可以幫助組學研究人員化解生物醫(yī)學大數(shù)據(jù)分析的難題，目前提供兩款分析工具基于KEGG PATHWAY數(shù)據(jù)庫中的數(shù)據(jù)研究分子間相互作用。可應用于：
☆ Pathway差異表達分析
☆ 蛋白質相互作用網絡
☆（轉錄因子）基因表達調控網絡構建
☆ 差異表達基因信號通路構建
快搬好小板凳等小編下次介紹吧~
博奧晶典生物信息部孟萍 陳勝 | 文案
