我叫骨頭，是萬事屋的NPC，好吧，我最近已經(jīng)學(xué)會(huì)了用KEGG來分析信號(hào)通路了，真的是美滋滋啊……
莫愁：你真的知道KEGG么？
骨頭：一般一般吧，基本我已經(jīng)會(huì)用了。
莫愁：是么？那你知道KO是什么嘛？
骨頭：嗯，這個(gè)我知道，最近很流行這樣的：
然后就KO了。
莫愁：呃……不是太極拳好么……首先我們來看看KEGG：
KEGG里有很多數(shù)據(jù)庫，包括分層分類數(shù)據(jù)庫，還有基因數(shù)據(jù)庫，信號(hào)通路數(shù)據(jù)庫等等，比如我們搜一個(gè)TP53，會(huì)獲得這樣的結(jié)果：
紅框內(nèi)的是KEGG分層數(shù)據(jù)庫，這里面包括對(duì)所有基因的功能注釋和信號(hào)通路注釋這種分析有點(diǎn)類似GO分析，就是按照不同的功能以及信號(hào)通路進(jìn)行分類，然后打上KO（KEGG Ontology）的標(biāo)簽。藍(lán)框中的呢，是KEGG的蛋白質(zhì)或者酶的一個(gè)分類體系，他們吧序列高度相似，并且在同一條通路上有相似功能的蛋白質(zhì)被歸為一組，然后打上KO（KEGG Orthologs）標(biāo)簽。
所以在KEGG上這兩種KO標(biāo)記其實(shí)是不一樣的，本體論分層分類（KEGG Ontology）的用小寫“ko”標(biāo)記。KEGG同源物（KEGG Orthologs），縮寫成K。
比如我們打開P53的KEGG gene數(shù)據(jù)庫，可以看到它在信號(hào)通路的分層分類編號(hào)。
那么問題來了知道KEGG同源物有啥用？用處在這里，比如我們打開KEGG的信號(hào)通路圖，會(huì)發(fā)現(xiàn)，有一個(gè)同源物按鈕：
點(diǎn)進(jìn)去之后是這樣的：
在這個(gè)信號(hào)通路上的所有基因，都被用KEGG同源物編號(hào)進(jìn)行表示，包括在不同物種中的同源基因，或者同一物種序列相似，并且參與這個(gè)信號(hào)通路的基因。所有物種的信號(hào)通路，都可以通過蛋白序列比對(duì)分析。也就是說，只要你有蛋白序列，無論是什么物種，通過比對(duì)，都可以猜出這個(gè)大概是參與什么具體功能的。
當(dāng)然這也是有工具的，比如用這個(gè)KAAS，就可以對(duì)所給出的蛋白序列，進(jìn)行KO分析，當(dāng)然，需要填入蛋白序列和你的郵箱號(hào)：
然后你就會(huì)收到一封結(jié)果郵件，我就bia了一個(gè)Example序列，就算了有十幾分鐘：
點(diǎn)開后，你就可以看到這段序列所具有的KO注釋了：
李莫愁博士：是不是覺得KEGG變得有點(diǎn)陌生了？好了，今天就先策到這里吧，回復(fù)“KAAS”給你兩個(gè)相似的KEGG注釋網(wǎng)站。好了，今天就策到這里吧。
聯(lián)系客服
