不可逆抑制劑可分為專一性與非專一性兩大類。專一性不可逆抑制劑只與活性部位的基團(tuán)反應(yīng)，與其它基團(tuán)不反應(yīng)，所以抑制劑與酶以固定的比例反應(yīng)，即所謂有化學(xué)計(jì)量關(guān)系。同時(shí)，酶與抑制劑作用后會完全失活，抑制劑與失活的酶也不再發(fā)生反應(yīng)。因?yàn)橐种苿┬枰M(jìn)入活性中心才能起作用，所以當(dāng)有大量底物存在時(shí)，底物先與酶的活性部位結(jié)合，抑制作用就會減弱，稱為底物保護(hù)作用。
專一性的不可逆抑制劑，又可以分為Ks型和Kcat型兩類。前者具有和底物類似的結(jié)構(gòu)，通過與酶的親和力來對酶進(jìn)行修飾，所以又稱為親和標(biāo)記劑；后者被酶催化以后才具有抑制作用，稱為“自殺底物”。
Ks型不可逆抑制劑能與特定的酶結(jié)合，它們的結(jié)構(gòu)中帶有一個(gè)活潑的化學(xué)基團(tuán)，可以與酶分子中的必需基團(tuán)起反應(yīng)，使酶活力受到抑制。在這個(gè)過程中，抑制劑與酶的親和力決定了它的抑制作用強(qiáng)弱和選擇性高低。動力學(xué)上經(jīng)常用酶與抑制劑復(fù)合物的解離常數(shù)Ks來表示親和力，所以稱為Ks型抑制劑。
胰蛋白酶
親和標(biāo)記劑只對底物結(jié)構(gòu)與其相似的酶有抑制作用，具有專一性。例如，L-苯甲磺酰賴氨酰氯甲酮（TLCK）是胰蛋白酶的親和標(biāo)記劑，而L-苯甲磺酰苯丙氨酰氯甲酮（TPCK）則是胰凝乳蛋白酶的親和標(biāo)記劑。
TLCK的結(jié)構(gòu)與構(gòu)象
自殺底物的結(jié)構(gòu)中沒有直接的活性基團(tuán)，只有潛在的活性基團(tuán)，而且酶可以把它們作為底物來催化。當(dāng)催化作用進(jìn)行到一定階段以后，潛在的化學(xué)基團(tuán)就會被活化，和活性中心發(fā)生共價(jià)結(jié)合，使酶失活。這種過程稱為酶的自殺失活作用，而這類底物則稱為“自殺底物”。因?yàn)樗枰幻复呋啪哂谢钚?，所以酶的催化常?shù)Kcat越高，抑制作用越強(qiáng)。因此，自殺底物也叫Kcat型不可逆抑制劑。
自殺底物所作用的酶，稱為自殺底物的靶酶。酶的自殺底物專一性非常高，平時(shí)以潛伏狀態(tài)存在，只有遇到靶酶時(shí)才會被激活，發(fā)揮抑制作用。所以針對某些病原菌或異常組織中所特有的酶，可以設(shè)計(jì)相應(yīng)的自殺底物，作為副作用很小的高效藥物。
由于廣泛使用青霉素，很多菌株對青霉素產(chǎn)生了耐藥性，其原因多是細(xì)菌體內(nèi)被誘導(dǎo)產(chǎn)生出一種能分解青霉素的β-內(nèi)酰胺酶。近年來，合成了多種內(nèi)酰胺酶的自殺底物，如青霉素亞砜衍生物等，可以恢復(fù)青霉素的殺菌效果，滅殺耐藥菌。
肽聚糖的結(jié)構(gòu)
有趣的是，青霉素本身也是一種自殺底物。革蘭氏陽性菌的細(xì)胞壁主要由肽聚糖構(gòu)成，合成肽聚糖的最后一步需要轉(zhuǎn)肽酶（糖肽轉(zhuǎn)移酶）催化形成五肽橋交聯(lián)起來，才能具有功能。青霉素內(nèi)酰胺環(huán)上的高反應(yīng)性肽鍵會被轉(zhuǎn)肽酶活性中心的絲氨酸羥基親核攻擊，形成共價(jià)復(fù)合物，導(dǎo)致酶失去活性。這樣細(xì)胞壁就會有缺損，容易因滲透壓變化而破裂致死。
