前天上燈,吃了湯圓,結果湯圓歪瓜咧棗的,讓我想到了自己養(yǎng)的細胞也是這樣的,心中一陣唏噓;今天元宵節(jié),同樣吃湯圓,一個個湯圓圓潤飽滿,看著就非常喜人,真是希望自己養(yǎng)的所有的細胞都是這般討喜呀!說這么多,就是想祝大家元宵節(jié)快樂,細胞長得壯壯噠,人也健健康康的!
今天給大家介紹的是一個藥物相關的數(shù)據(jù)庫L1000FWD(http://amp.pharm.mssm.edu/L1000FWD/),這個數(shù)據(jù)庫可以幫助你找到藥物作用的機制,哪些基因發(fā)生差異表達等等,功能相當強大,并且數(shù)據(jù)非常全!
網(wǎng)站加載數(shù)據(jù)需要一點時間,因為一開始就要加載下面這樣一張復雜的全局圖。
這張圖在說些什么呢?我們一點點來看。
點的形狀代表藥物處理時間,顏色代表作用機制(具體是哪個通路的抑制劑),鼠標放在點上就會顯示具體的實驗信息:用的什么藥,多長時間,劑量如何,什么細胞系。
初步介紹了怎么看這個圖之后,我們來看下我們用的時候要怎么選。
在圖的右邊,我們可以選擇不同的標識,比如按照p-value和劑量來選擇點的形狀:
同樣的顏色設置也可以有許多不同的選擇:
我們選擇不同的藥物,就能在整張圖中高亮顯示
點開之后,就能查看藥物使用報告,我們可以獲取在當前作用條件下哪些基因產(chǎn)生了特異性的表達,并能在線做功能富集分析。
同樣的,我們也能根據(jù)特異性表達的基因來尋找相關的藥物以及作用機制
關注某一細胞系?沒問題,這里有大量的細胞系可供選擇!
最后再次提醒大家:使用該數(shù)據(jù)庫一定要有點耐心,數(shù)據(jù)量比較大,加載起來需要一點時間!