今天主要從以上3個(gè)方面來闡述要講的內(nèi)容。
對基因變異的解讀，實(shí)際上就是患者表型與基因的linK, 對于解讀人員來說，就是將Call到的一大堆的基因數(shù)據(jù)與患者的的臨床表型很“恰當(dāng)?shù)摹迸錾蟣ink起來，問題來了，如何很“恰當(dāng)?shù)摹笔惯@兩者link在一起呢？這就是我們今天要講的這個(gè)ACMG解讀標(biāo)準(zhǔn)要做的事情。
2015年，美國分子遺傳協(xié)會(huì)（ACMG）協(xié)同全美分子病理協(xié)會(huì)（AMP）共同出臺(tái)了臨床數(shù)據(jù)解讀與報(bào)告的標(biāo)準(zhǔn)指南（2015 ACMG-AMP 《解讀報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)指南》），這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)將在很長一段時(shí)間內(nèi)成為全美行業(yè)內(nèi)的一個(gè)金標(biāo)準(zhǔn)。
第一部分 主要介紹下ACMG標(biāo)準(zhǔn)的“出爐”。
今年2月，中國遺傳協(xié)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)在蘇州擬定了《ACMG遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)中文版專家共識(shí)指南》，旨在方便我國 醫(yī)療工作者和遺傳咨詢從業(yè)者 更好地理解ACMG遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)，中國遺傳學(xué)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)聯(lián)合多位遺傳咨詢領(lǐng)域?qū)＜夜餐幾g了《ACMG遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)中文版》，并已得到ACMG的官方授權(quán)，這里注明下《ACMG遺傳變異分類標(biāo)準(zhǔn)中文版》下邊統(tǒng)稱《指南》。
經(jīng)過了一系列遺傳分子大師的翻譯與修訂，6月25號，中國遺傳學(xué)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)正式發(fā)布了中文版的《指南》。
這張片子是中國遺傳協(xié)會(huì)遺傳咨詢分會(huì)官網(wǎng)上的中英對照版的標(biāo)準(zhǔn)內(nèi)容。
這張圖左邊是美版的2015《指南》，右圖為6月25號剛發(fā)布的中文版《指南》。
我們這里再來簡單認(rèn)識(shí)下ACMG，ACMG也即美國醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)和基因組學(xué)會(huì)，由一些臨床、生化、細(xì)胞組織、醫(yī)學(xué)和分子遺傳學(xué)家構(gòu)成，還有一些是遺傳咨詢和致力于醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)實(shí)踐的衛(wèi)生保健專業(yè)人員。這個(gè)組織 至今成立已有25年；主要職責(zé)就是維護(hù)遺傳學(xué)、基因組學(xué)的行業(yè)相關(guān)規(guī)范，還包括臨床上和一些實(shí)驗(yàn)室的操作指南的維護(hù)；教育方面（這里主要指醫(yī)學(xué)遺傳學(xué)家）；還有些具體的基因組的臨床應(yīng)用等。
第二部分：我將簡單介紹下ACMG《指南》主要內(nèi)容。
簡而言之，該標(biāo)準(zhǔn)主要內(nèi)容概括為，28個(gè)證據(jù)、5類判型；我們根據(jù)患者的一系列的表型進(jìn)行證據(jù)分類（分為28種），并根據(jù)搜集的這些分類證據(jù)給出5種判型：已知致病突變、疑似致病突變、已知良性突變、疑似良性突變、臨床意義未明。
第一類為極強(qiáng)的致病證據(jù)(PVS : very strong pathogenicity)，這一類只有一種，即功能缺失型變異，包括一些無義突變、框移突變、±1或±2的剪接突變、起始密碼子突變、單個(gè)或多個(gè)外顯子缺失的變異。
第二類為強(qiáng)的致病證據(jù)包括以上四種：這里我提前解釋下，同一分類下的1.2.3.4沒有優(yōu)先級別的意義。
第三類為中等致病證據(jù)有以上六種。
第四類為支持的致病證據(jù)有以上四種。
第五類為極強(qiáng)的良性證據(jù)。
第六類為強(qiáng)的良性證據(jù)有以上四種。
第七類為支持的良性證據(jù)有以上七種。
根據(jù)搜集的上述28標(biāo)準(zhǔn)表型證據(jù)，我們將患者的變異給出以下的5種的判型：
已知致病突變(Pathogenic)
疑似致病突變（Likely pathogenic）
已知良性突變(Benign)
疑似良性突變(Likely benign)
臨床意義未名(Uncertain significance)
第三部分我們通過intervar的應(yīng)用更進(jìn)一步來認(rèn)識(shí)這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)。
通過上一部分的介紹，大家應(yīng)該已經(jīng)對這個(gè)標(biāo)準(zhǔn)有了一些初步認(rèn)識(shí)；但是一一去對這28個(gè)分類相對比較麻煩，這個(gè)時(shí)候，哥倫比亞大學(xué)的生信大牛王凱教授給我們送來了intervar，它有兩個(gè)版本， web版， pathon版的。
這張就是web版的intervar 的主要界面。王凱教授開發(fā)這款 疾病變異分析解讀工具 InterVar旨在幫助遺傳病數(shù)據(jù)解讀人員 更高效地應(yīng)用2015版ACMG《指南》的 28條評估標(biāo)準(zhǔn)，能夠?qū)Ａ孔儺愇稽c(diǎn)信息 實(shí)現(xiàn)半自動(dòng)化分析，加快遺傳病基因分析和診斷速度。
這張圖是intervar的工作流程：根據(jù)病人的檢測的基因變異信息 自動(dòng)預(yù)測變異的致病性，變異位點(diǎn)信息輸入，軟件對變異初步判讀分類，手動(dòng)調(diào)整必要條件后，得到最終判讀結(jié)果。
下面我們用一個(gè)案例來演示intervar的使用。
這是我們曾經(jīng)分析的一例患者，只有9歲，3歲坐滑梯摔下，耳朵出血，顱內(nèi)也出血，核磁檢測沒有太大問題；而患者哥哥小時(shí)候感冒發(fā)燒過多，經(jīng)常打針，做過肌肉放松手術(shù)。最終醫(yī)生給出患者的診斷 為肌無力，疑似SMA；而且MLPA檢測SMN1和SMN2基因變異為陰性。
這張圖是生信分析完的位點(diǎn)信息，我們從中篩選出了ASAH1基因。
然后將基因變異信息輸入intervar的界面；大家看到的這個(gè)界面，輸入變異位點(diǎn)信息可以有3種形式，分別為基因組上的位置信息， dbSNP ID或者是 HGNC上基因變異的信息。
這里我們輸入ASAH1的變異信息（這里我想說下，intervar暫時(shí)只支持參考基因組為Hg19版本的數(shù)據(jù)信息），然后提交查詢內(nèi)容。
點(diǎn)擊VUS下方的內(nèi)容轉(zhuǎn)入下個(gè)界面
這里得到了這樣一個(gè)結(jié)果，然后手動(dòng)調(diào)節(jié)藍(lán)色字部分，對應(yīng)之前用綠色字體標(biāo)注過的內(nèi)容；對，intervar目前是半自動(dòng)化狀態(tài)，還需手動(dòng)輸入，也可以理解，這部分與患者表型相關(guān)。
最終得到了這樣的結(jié)果，ASAH1基因的變異判定為疑似致病，左上角這個(gè)部分為系統(tǒng)為我們搜集的致病證據(jù)。
這里補(bǔ)充下，目前只能上傳hg19版本參考基因組數(shù)據(jù)，而hg38版本則需要轉(zhuǎn)換；如果我們我們有dbSNP ID和HGNC的相關(guān)信息也可以直接錄入。
經(jīng)過sanger測序正確驗(yàn)證后，我們確定了call到的這個(gè)位點(diǎn)，確定了致病基因。
最后，再次和大家認(rèn)識(shí)下標(biāo)準(zhǔn)里的一些建議：
臨床上，基因檢測一定是醫(yī)生的輔助查找病因的手段，幫助醫(yī)療工作者做出個(gè)性化的治療決策或用藥選擇的；
由于基因檢測與解讀相對復(fù)雜，檢測特別需要相關(guān)醫(yī)務(wù)工作者和臨床試驗(yàn)室協(xié)作才能得到最佳的結(jié)果。
下節(jié)課將繼續(xù)和大家分享學(xué)習(xí)癌癥方面的解讀報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)的內(nèi)容，將會(huì)從癌癥的數(shù)據(jù)庫、變異的分類、以及解讀報(bào)告等幾個(gè)方面來展開，癌癥的解讀會(huì)與今天所講的孟德爾遺傳病有什么不同呢？還請大家下次再次收聽。
這次關(guān)于ACMG標(biāo)準(zhǔn)的解讀學(xué)習(xí)內(nèi)容到此結(jié)束，非常感謝。
現(xiàn)場問答
問題1：什么是復(fù)合雜合突變？
答：復(fù)合雜合子：在兩條同源染色體的相同基因座上有兩個(gè)突變等位基因的雜合基因型稱為復(fù)合雜合子
問題2： 如何實(shí)現(xiàn)hg19版本的基因組與hg38版本的轉(zhuǎn)換
答：可以使用UCSC-tool-liftover工具進(jìn)行轉(zhuǎn)換，這里我要說的是轉(zhuǎn)換前的格式一定要正確，生成bam格式呢需要用記事本打開即可。
問題3：癌癥與一般單基因遺傳病的分析策略的差別？
答：癌癥變異多數(shù)是體細(xì)胞變異， 和一般遺傳疾病的變異檢測不同， 癌癥變異檢測首先將癌組織和癌旁組織做對照分析， 找出只在癌組織出現(xiàn)的變異。遺傳性的突變只分析一個(gè)簡單的樣本，它沒有一個(gè)類似癌旁組織的對照，它會(huì)參考一些相關(guān)健康人群的基因頻率數(shù)據(jù)庫， 或者通過和家系中其他人做比較通過家系分析來找出可能的致病變異
