南征倭寇
岑港之戰(zhàn)
公元1557年（嘉靖三十六年）倭寇進犯樂清、瑞安、臨海等地，率軍前往救援，但因為道路隔絕而沒有來得及，朝廷也因此不治戚繼光的罪。而后，汪直余黨作亂于岑港，與俞大猷兩軍會合，前往圍攻。但很長時間都沒有攻下來，于是朝廷將戚繼光、俞大猷等人全部罷免，讓其帶罪殺敵。駐守在岑港的倭寇抵御不住戚繼光與俞大猷的進攻，于是打算逃走。
公元1558年（嘉靖三十七年）倭寇造好了大船，準備駕船夜遁，和俞大猷趁機發(fā)動進攻，擊沉倭寇大船，余黨向閩南逃竄。從岑港逃走的倭寇又在臺州燒殺搶掠，給事中羅嘉賓等人彈劾戚繼光故意放走岑港的倭寇，有通倭的嫌疑。正要準備治罪，卻因平定汪直的功勞而復官，守衛(wèi)守臺、金、嚴三郡。
到浙江赴任后，發(fā)現(xiàn)衛(wèi)所的將士作戰(zhàn)能力一般，而金華、義烏的人比較彪悍，于是前往招募了三千人，在戚繼光的指導訓練下，將其練成一支精銳的部隊，后稱“戚家軍”。根據(jù)南方多沼澤的地理特點制定陣法，又給他的部隊配備火器、兵器、戰(zhàn)艦等裝備，戚家軍因此名聞天下。
臺州之戰(zhàn)
公元1561年（嘉靖四十年）倭寇大舉進攻桃渚、圻頭等地，率軍扼守桃渚，于龍山大破倭寇，一路追殺至雁門嶺。倭寇遁走之后，趁虛襲擊臺州，一馬當先手刃倭寇首領(lǐng)，余黨走投無路，全部墜入瓜陵江淹死。而圻頭倭寇竟又來侵犯臺州，率軍于仙居將其全殲。臺州大捷后，官升三等。而后，閩、廣一帶的倭寇流入江西一帶作亂，總督胡宗憲無法平定，于是讓戚繼光來增援，率軍于上坊巢將其擊破，倭寇奔走建寧，引軍回浙江。
福建之戰(zhàn)
公元1562年（嘉靖四十一年）倭寇進犯福建，并聯(lián)合福寧、連江等地的倭寇，先后攻陷壽寧、政和、寧德等地，從廣東南澳方面侵略的倭寇聯(lián)合福清、長樂的倭寇攻陷玄鐘所，并進犯龍巖、松溪、大田、古田、莆田等地。
倭寇聲勢浩大，當?shù)毓佘姴桓疫M攻，于是胡宗憲傳令讓戚繼光帶兵剿賊。領(lǐng)命后引兵先進攻橫嶼，橫嶼四面水路險隘不易通行，命將士們每人手持一束稻草，填壕而進，大破橫嶼倭寇，斬首兩千二百余級。而后，乘勝追擊，殺至福清，搗毀牛田，端了倭寇巢穴。倭寇余黨慌忙逃往興化，也不停歇，一路狂追，又搗毀倭寇據(jù)點六十余營，斬首無數(shù)。
平定福建倭患后班師回浙江，行至福清，遇見少量倭寇從東營澳登入，率兵急攻，斬首兩百人。經(jīng)過幾番戰(zhàn)斗，閩廣一帶的倭寇幾乎被殺光。
興化之戰(zhàn)
回到浙江后，從日本國本土而來的新的倭寇又伺機侵略，他們?nèi)藬?shù)日益壯大以后，襲擊興化，但圍攻了好幾個月都沒有攻下來。而此時劉顯派了八個人帶著書信到興化傳達信息，被倭寇攔殺，倭寇就換上劉顯使者的服飾騙開城門，趁機攻陷了興化城。 倭寇攻陷興化后，劉顯率兵逼近興化，但因為兵少，劉顯不敢擅自攻城，卻因此被彈劾，背負罪名。而福建總兵俞大猷也表示需要有大軍合圍。
公元1563年（嘉靖四十二年），朝廷以譚綸為右僉都御史，巡撫福建前來支援，而都指揮歐陽深卻中了倭寇埋伏搏戰(zhàn)而死，倭寇遂占據(jù)平海衛(wèi)。四月率領(lǐng)浙江兵前來支援。到后，譚綸立刻籌備對倭寇的總攻，先在各海道上環(huán)立柵欄阻斷倭寇歸路，而后譚綸以劉顯為左軍，俞大猷為右軍，譚綸自領(lǐng)中軍，以為先鋒，圍攻平海衛(wèi)，一舉告破，斬首兩千余級，等率兵追擊，倭寇道路不通，又被斬殺三千多人。于是劉顯等復興興化。朝廷以戚繼光先前橫嶼大戰(zhàn)，錄前后戰(zhàn)功，任為都督同知，世廕千戶，代替俞大猷為總兵。
仙游之戰(zhàn)
公元1564年（嘉靖四十三年）二月倭寇余黨糾合一萬多人圍攻仙游，打了三天率兵前往解圍，倭寇敗走，率軍追擊，追至王倉坪，斬首百余級，不少人都墜于懸崖摔死。余黨數(shù)千人逃走占據(jù)漳浦蔡丕嶺。分五哨（古代軍事編制單位）將士攀巖而上，與倭寇短兵相接，連俘帶殺一百多人。剩下的倭寇劫掠漁船逃到海上，而后侵擾福寧，率領(lǐng)李超等前往將其擊敗，又乘勝追至永寧，殺死三百多人。
同年潮州倭寇聚眾二萬，與海盜吳平互為犄角之勢劫掠潮州，俞大猷率兵殺敗倭寇，并將吳平招降，讓吳平駐扎在梅嶺。但不久之后，吳平糾合被明軍擊敗的流散倭寇一萬多人，伙同林道乾、曾一本先后在走馬溪、泊浦澳登陸，洗劫南村堡和港口村。即刻率軍前來圍剿，吳平得知后放棄之前據(jù)守的梅嶺，集合大船一百多艘，逃入南澳，并修筑大寨防御。
公元1565年（嘉靖四十四年）俞大猷率領(lǐng)水軍，率領(lǐng)步兵，二人合力圍剿吳平，吳平破敗，孤身逃往鳳凰山。
