公元前525年，波斯王岡比西斯征服埃及之后，給自己加上埃及之王的頭銜。此后直到公元前404年，埃及歷史被劃入第1波斯王朝，也就是第27王朝。
岡比西斯在埃及實施暴力鎮(zhèn)壓措施，人們普遍對他恨之入骨，公元前522年岡比西斯死后，波斯國內(nèi)陷入混亂，埃及的反抗活動也風起云涌，波斯人的統(tǒng)治岌岌可危。經(jīng)過一番內(nèi)部爭斗，波斯帝國最終由大流士一世穩(wěn)定住了局面，公元前518年，他再度率軍入侵并占領(lǐng)全埃及。大流士一世吸取岡比西斯的教訓，不再一味對埃及本土文化采取強硬的排斥策略，他效仿埃及傳統(tǒng)，在各地修建神廟，并宣布保護傳統(tǒng)的宗教信仰，這使得他在位期間，波斯統(tǒng)治者與埃及人的矛盾有所緩解。
波斯帝國在埃及獲取的主要資源是尼羅河三角洲出產(chǎn)的谷物，這表明了埃及對外來征服者的價值所在——后來的希臘人和羅馬人，也將埃及視為重要的糧倉。對征服者來說，埃及是糧食的關(guān)鍵來源，但對埃及人而言，卻因此而背上了沉重的負擔。
文化的差異和對錢糧的索取，使得波斯人的統(tǒng)治從未完全穩(wěn)固，隨著波斯帝國陷入希波戰(zhàn)爭的泥潭，并在馬拉松戰(zhàn)役里被希臘聯(lián)軍擊敗，公元前486年，埃及人趁機再度反抗。雖然后來遭到殘酷鎮(zhèn)壓，但是火焰始終沒有熄滅，此后數(shù)十年里，各地起義軍始終困擾著波斯人。公元前460年，伊納多斯和阿米爾塔伊俄斯領(lǐng)導埃及人發(fā)動大規(guī)模暴動，并一度與希臘人并肩作戰(zhàn)，波斯人最終再度取勝，但也不得不做出妥協(xié)，指定埃及人擔任一些重要官職。
公元前404年，波斯王大流士二世去世，過去的起義軍領(lǐng)袖阿米爾塔伊俄斯之子，第28王朝的開創(chuàng)者阿米爾塔伊俄斯二世趁機控制了尼羅河三角洲，并進一步把統(tǒng)治擴展到上埃及。他的統(tǒng)治得到整個埃及的承認，宣告第1波斯王朝在埃及的統(tǒng)治徹底終結(jié)。
第28王朝只經(jīng)歷了阿米爾塔伊俄斯二世一位君主，由于內(nèi)部政治斗爭的原因，他的后代沒能繼承王位。公元前399年，三角洲另一個大家族的代表人物尼發(fā)魯?shù)碌腔Q王，歷史上將這視為第29王朝的開端。這一時期埃及與希臘繼續(xù)結(jié)盟對抗波斯人，公元前385年，波斯帝國再次入侵埃及。據(jù)說數(shù)千名希臘雇傭兵參與了抵抗入侵的戰(zhàn)斗，并將波斯軍隊擊退。
公元前380年，軍隊將領(lǐng)涅克塔尼布一世發(fā)動軍事政變登上王位，創(chuàng)建了第30王朝。他在位期間，波斯人再次從巴勒斯坦南下入侵，遭到涅克塔尼布一世的頑強抵抗，最后尼羅河大水泛濫，波斯人無法在三角洲地區(qū)繼續(xù)作戰(zhàn)，被迫無功而返。
公元前362年，涅克塔尼布一世之子杰郝繼位，他采取極為強硬的措施，主動出擊打擊波斯在地中海沿岸的勢力。但是龐大的軍費開支給國家造成了極大負擔，以他的兒子涅克塔尼布二世為首的內(nèi)部反對勢力趁機興風作浪，杰郝迫不得已只能宣布退位。
長期的戰(zhàn)爭耗盡了埃及的實力，公元前343年冬，30萬波斯大軍再度入侵埃及，涅克塔尼布二世節(jié)節(jié)敗退，最后丟失了埃及全境逃往努比亞，埃及再度淪陷于波斯鐵蹄之下。
但是，這時候的波斯也已經(jīng)是強弩之末。不久之后，埃及與波斯都會被一個空前的大帝國征服。
歷史即將掀開全新的一頁。
