倭寇的入侵，在洪武年間便已開始，但到了嘉靖之時，才成為嚴重的禍患。
太祖稱帝以前。便已有方國珍、張士誠的余黨領(lǐng)了倭人來騷擾沿海。太祖在洪武二年三年，先后派了楊載與趙秩前往日本，質(zhì)問當時的世襲宰相足利良懷。良懷派了一個和尚祖來，作為使臣，向太祖稱臣納貢，送還明臺二州被擄去的男女七十余名。就在這一年，溫州又來了倭寇。次年，海鹽、澉浦，與福建的沿海幾處地方，也來了倭寇。其后，良懷常常派人來進貢，太祖也常常拒收他的貢，倭寇也照樣常常來，不過人數(shù)皆不甚多。太祖在洪武二十年命令周德興與湯和在福建、浙江的沿海，造了幾十座防倭的城，市置了六七萬兵。倭寇敢來的，便較前更少了。
實際上，這些倭寇并非良懷所派遣，亦非良懷或他的世襲的宰相足利義滿所能防止。割據(jù)各方的藩鎮(zhèn)，想怎樣便怎樣。那不屬于藩鎮(zhèn)的“無主武士”（浪人）更是無拘無束的極端自由的分子。況且，所謂倭寇，有十分之七八是華人！
足利義滿在晚年改名“道義”，復姓源（足利氏本為源氏的一支）。他在永樂元年向明成祖上表進貢，受到成祖的優(yōu)禮。次年，他捕殺了對馬臺岐等島的若干海盜，于水樂三年派使臣押了二十名解到南京。成祖不收，叫使臣將這二十人帶回本國，自行治罪。使臣走到寧波，于上船以前，用蒸鍋把這二十人活活蒸死。
永樂六年，源道義去世，成祖賜祭賜謚，而且封了他的兒子源義持為“日本國王”。雖則，當時以及其后，日本始終另有一個天皇，而源義持在本國的正式爵位不過是“征夷大將軍”，這“大明日本國王”的封導，源義持卻毫不遲疑地接受了。
源義持，正如他的父親一樣，僅能捕捉他力量所及的地區(qū)內(nèi)的零星海盜，沒有辦法禁止其他的日本人到中國沿海作倭寇。在永樂十七年的時候，竟有幾千個倭寇乘了二十條船開進遼東的王家山島。這幾千個倭寇不久便被劉榮擊潰于櫻桃園，殺了七百四十二名?；钭搅税税傥迨呙?br>
宣宗即位以后，進貢的“日本國王”叫做源義教。宣宗把貢使隨員的人數(shù)，由永樂年間的二百人放寬為三百人，貢船由二艘放寬為三艘。
源義教，也如同他的祖父與父親一樣，管不住倭寇。到了英宗正統(tǒng)四年五月，競有裝滿了四十船的倭寇，來搶劫浙江沿海，攻破了兩個千戶所（臺州的桃渚千戶所，與寧波的大嵩千戶所），又攻破了一個衛(wèi)（昌國衛(wèi)，今天的定海縣城）。
有些貢使及其隨員，也漸漸染上了倭寇習氣，夾帶了十倍于貢品的私貨，在中國市場賣出，換買中國商品回國。在賣私貨與買商品的時候，每每很不客氣，強賣強買，甚至搶了東西不給錢。他們?nèi)巳司鶐в形淦?，船上的武器更多。遇到中國的官軍，他們便拿出貢物，說出貢使或隨員的身份，不遇到中國官軍而有機可乘之時，他們就使用武器，為所欲為。
貢使隨員的人教與船數(shù)，沒有一次不超過三百人與三條船的限制。
在景泰四年的時候，臨清地方的指揮使，為了勸阻貢使搶老百姓的東西，幾乎被貢使當場打死。事情被報告到景帝那里，景帝主張寬大，不予深究。
英宗復辟以后，源義教的兒子源義政派了使臣來謝罪。但是，到了憲宗成化四年，源義政的貢使又在某一城市打人，把人打傷。
孝宗之時，進貢的“日本國王”是源義高。源義高的貢使也在弘治九年鬧事，在濟寧殺人。孝宗發(fā)了睥氣，下旨：此后日本的貢使只許有五十人進京，其余的都必須留在“舟次”。
武宗之時，進貢的“日本國王”是源義澄。源義澄的貢使宋素卿，根本是一個中國人，姓朱名縞。依照法律，中國人私自通番，而且冒充番人，作番邦的使者，應該處死。這宋素卿送了劉瑾一千兩黃金，逍遙自在。
世宗嘉靖二年，宋素卿又以貢使的身份來到寧波。另有一位貢使，叫做宗設，是一個道道地地的日本人，比他先到。宋素卿說宗設是假貢使，宗設也說宋索卿是假貢使。
寧波市舶提舉司的主管人，太監(jiān)賴恩，請他們二人吃飯，把宋素卿的座位排在宗設的上邊。（原因是，賴恩已經(jīng)收到了宋素卿的賄賂。）賴恩而且提前把宋素卿的貨物驗放。宗設氣不過，動起武來，殺了和宋素卿同來的日本人瑞佐，追擊宋素卿，從寧波一直追到紹興城的城邊。從紹興回寧波，沿途燒房子，搶東西，而且架走了指揮袁琎，偷了一條官船出海，揚長而去，浙江都指揮劉錦，帶了兵去追，追到他，打了一陣，劉錦陣亡。
宋素卿逃到紹興城內(nèi)或城外附近的地方，不曾被宗設追著。后來，他被明廷的官吏抓住，治罪，死在牢里。
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明廷通知日本的“國王”源義晴，叫他交出宗設來。源義晴辦不到。于是，明廷便拒絕了源義晴的請貢，一直到了嘉靖十八年七月，貢使碩鼎來到寧波之時。碩鼎卻被準許進京，于十九年二月到達，明廷仍一面叫他轉(zhuǎn)達源義晴，把宗設押解來華，一面準日本恢復入貢，貢使隨員的人數(shù)以一百名為限，船只以三艘為限，貢期則以每十年一次為限。
沒有等到十年，日本的貢使又在嘉靖二十三年七月到了寧波。這固然是日本不對，明廷的限制也根本太不合理。當時的皇帝與大官都不懂國際貿(mào)易對兩國彼此均有好處，只是一味地想省事。于是，明廷振振有詞地又拒絕了日本的貢，而且治了沿海文武將吏的罪，嚴禁老百姓與日本貢使交通。事實上，盡管禁令皇皇，老百姓之中有力量的仍舊和貢使暗暗交易。
十年一次的限期，在嘉靖二十八年輪到（是從嘉靖十八年算起的）。源義睛派了一位周良作貢使，于嘉靖二十七年秋冬之際到了寧波，帶來六百名隨員，分乘四條貢船，向地方官要求暫在寧波停泊，等候明年的貢期，地方官呈報中央，中央請示皇帝（世宗）。皇帝在十一月間下敕書，叫地方官勒令周良帶領(lǐng)隨員與貢船回國。周良只得怏怏而去。
次月，十二，便有了若干倭寇，大掠溫州臺州二府。這些倭寇，是否為周良的隨員，史無明文。
周良在嘉靖二十八年六月，又遵旨如限而來。巡撫朱紈替他請準，帶一百名隨員入京。到了京城以后，周良向明廷訴苦，說：貢船高大，原限的隨員百人不夠駕駛，必須有五百名才夠；貢船原限三艘，但是沿途有海盜，必須再加一條船護航，因此才帶了四條船來，并非敢于“違制”。
周良走了以后，巡撫朱紈殺了若干私行貿(mào)易的中國人。這些人，多數(shù)都極有錢，在朝廷中也有奧援。于是，朱紈被朝廷降為“巡視”，不久又被免職，而且背了若干洗不清的罪名，憤而自殺。
朱紈死后，他留下遺缺，“巡撫浙江，兼制福、興、漳、泉、建寧五府軍事”，有四個年頭不曾補人，“海禁復弛，亂益滋甚。”
明廷在嘉靖三十一年復設浙江巡撫，以王忬充任。王忬的運氣不好，在次年三月便遇到海盜汪直勾引倭寇，大舉入侵的事。
汪血與憲宗時候的一位壞太監(jiān)姓名相同。太監(jiān)汪直是廣西大藤峽的瑤人。這一個海盜汪直，是安徽徽州府歙縣人。他亡命在海外很久，有海島根據(jù)地，在日本也有家。他的養(yǎng)子叫汪滶，原姓毛，名海峰；是他的得力助手。和他一伙，而勢力相伯仲的大海盜，另有徐海、陳東、麻葉等人。
汪直與他的同伙，以及真正的倭寇，一共集合了幾百條船，“蔽海而至”。他們在嘉靖三十二年三月攻破昌國衛(wèi)（定?？h）。次月，騷擾太倉，攻破上?？h城，搶掠江陰、乍浦。八月，搶掠金山衛(wèi)、崇明、常熟、嘉定。
次年，嘉靖三十三年，他們在正月間從太倉進犯蘇州，搶掠松江，轉(zhuǎn)而北向，渡過長江，搶掠南通州、泰州。其后，又轉(zhuǎn)而向南，再渡長江，于四月間破嘉善縣城與崇明縣城，再攻蘇州，進了崇德縣城。六月，從吳江出發(fā)，搶掠嘉興，然后，屯扎在柘林鎮(zhèn)。 明廷在沿海的衛(wèi)所，久已“船敝伍虛”，無力作戰(zhàn)，王忬所倚靠的只是一些漁船，與一些臨時招募的兵，坐視汪直等幾東馳西突，如入無人之境，而一籌莫展。
明廷把王忬調(diào)走，換了李天寵，加派兵部尚張經(jīng)到浙江來“總督軍務”。一時，汪直等人依舊橫行無忌。到了嘉靖三十四年五月，才在王江涇吃了張經(jīng)與李天寵一個苦頭，被殺了一千九百余人。
昏憤的明世宗，卻又聽信佞臣趙文華的話，顛倒功罪，把張經(jīng)與李天寵逮捕下獄，改以周玧為總督，胡宗憲為巡撫。周忬干了不過一個月，被楊宜所替代，楊宜干到三十五年二月，被胡宗憲所替代。胡宗憲的巡撫一缺，由阮鶚接充。
胡宗憲是安徽績溪人，他人極聰明，懂得應付趙文華，也懂得迎合明世宗的癖好（例如：獻白鹿）。他的打仗本事，很平常，卻有一個極大的長處：知人，《明史》對他的批評很壞，其實，他能選拔出戚繼光，而予以信任，使得戚繼光終于替國家平定倭寇。功罪相較，他已經(jīng)足夠留名青史了。
在楊宜與胡宗先分任總管巡撫之時，倭寇橫行無忌。有六七十個個人從抗州北邊的新關(guān)鎮(zhèn)，向西，搶掠淳安、歙縣、績溪、旌德、涇縣、蕪湖、太平府（當涂）、江寧鎮(zhèn)、南京大安德門、夾岡、秣陵關(guān)、溧水、溧陽、宜興、武進、尢錫的惠山、滸墅、楊林橋，才被明軍剿滅，世是他們蹂躪了幾千里，殺戮了幾千老百姓。另外有一批，不到二百人，在浙江樂清登陸，搶掠黃巖、仙居、奉化、余姚、
上虞，到了嵊縣，才被消滅。這一批，走過的地方雖只有三個府，殘害的老百姓之多，更甚于杭州新關(guān)鎮(zhèn)的那一批。
胡宗憲當了總督以后，一面從山東、山西、河南、廣西，調(diào)集強厚兵力；一面派遣間諜，分化倭寇的首領(lǐng)。這些首領(lǐng)，幾乎完全是中國人。胡宗憲騙徐海，叫他捆送陳東和麻葉。徐海中計，果然就把陳麻二人捆了送來。于是，桐鄉(xiāng)之圍，不解自解。胡宗憲隨即追擊陳嘛二人的余黨，毀掉他們扎在乍浦的巢穴。然后，胡宗憲又出其不意，包同徐海于平湖縣的沈莊與梁莊，惡戰(zhàn)七日，把徐海及其二千余眾也完全殺了。這是嘉靖三十年五月到八月間的事。
胡宗憲派在沈莊與粱莊前線的指揮官，是俞大猷。俞是福建泉州府晉江縣人，世襲百戶，于嘉靖十四年參加“武會試”，中了武舉，升為千戶，守御金門，其后歷官至蘇松副總兵，于嘉靖三十三年在張經(jīng)的指揮之下大破倭寇于王江徑。又其后，他連勝倭寇于陸涇壩、三丈浦、鶯脰湖、馬跡山、茶山、老鸛嘴，在三十五年三月受任為“浙江總兵官，兼轄蘇松諸郡”，歸胡宗憲節(jié)制。
俞大猷于殲滅徐海一支的倭寇以后，奉命進剿在舟山群島的倭寇老巢，獲勝，被升至“都督同知”，仍以都督同知的官階，充任“浙江總兵官，兼轄蘇松諸郡”。戚繼光這時候，是浙江的“寧紹臺參將”。參將之上為副將，副將之上為總兵。
胡宗憲對于汪直，也用了一套權(quán)謀。汪直在倭寇首領(lǐng)之中，是最厲害的一個，綽號為“老船主”，所盤踞的大島有五個之多。胡宗憲先把汪直的母親與妻兒，從金華的牢里釋放出來，養(yǎng)在杭州，然后派人向他勸降。汪直在原則上答應，要求胡宗憲派一位“貴官”當人質(zhì)。胡宗憲便派遣一個官居“指揮”（比千戶高一級）的夏正，到了汪直的島上。果然，汪直把夏正留下，交給養(yǎng)子汪滶（毛海峰），自己來見胡宗憲。胡宗憲招待他一番，叫他去見巡按御史王本固。王本固毫不客氣，一見面，便立刻將汪直逮捕下獄。
汪直的養(yǎng)子汪滶（毛海峰），聽到消息，就把夏正“支解’（裂開四肢而死），率領(lǐng)五百名死黨占了[定海縣西北的]岑港。胡宗憲派俞大猷和戚繼光等人去打，打了一年多，從嘉靖三十六年十月打到三十七年七月，打不下來。敵人從容不迫地離開岑港，移屯柯梅，到十一月造好若干艘船，搭上帆，揚長而去，去到福建，占住浯嶼（在金門之南，大膽島之西）。
胡宗憲被御史李瑚等一再彈劫。李瑚是福建人，和俞大猷同鄉(xiāng)。胡宗憲懷疑俞大猷，以為俞供給了李以軍情內(nèi)幕，便奏上一本，說岑港之敗，全由于俞大猷作戰(zhàn)不力。于是，俞大猷被逮捕審問。不久，俞的好朋友陸炳私下向嚴嵩的兒子嚴世蕃送了一些錢，俞才被釋放，派往大同，在巡撫李文進指揮之下戴罪立功。
本來，俞大猷早就在岑港之戰(zhàn)未了以前，和戚繼光、張四維都革了職（和清朝的所謂“革職留任”相同），限一個月把岑港打下。岑港雖不曾如期打下下，過了幾個月敵人溜走，俞戚二人也可算是有功，所以革了的職就復任。偏有御史李瑚等人一再彈劾胡宗憲，又恰巧李瑚是俞夫猷的同鄉(xiāng)，因此俞大猷才仍舊倒霉。 戚繼光的運氣，也不比俞大獻好多少，他祖籍安徽定遠，世襲山東登州衛(wèi)指揮僉事，父親戚景通官至大寧都指揮使，神機營副將。他自己嗣職以后，作過山東都指揮使司的僉事，負責“備倭”。調(diào)到浙江以后，升到參將，防守寧波、紹興、臺州三府。打岑港打不下來，革職留任；敵人走了以后，復職。但是，又有別股的倭寇在臺州登了陸，他被給事中羅嘉賓參了一本，就真地丟了宮，在胡宗憲面前當了一名閑人。這是嘉靖三十八年七月的事。到了二十九年二月，他才又因胡宗憲的保薦，重新作了參將，防區(qū)改為臺川、金華、嚴州。
他在賦閑的段時期，曾經(jīng)被胡宗憲派往義烏縣，幫助縣知事趙大河選兵練兵。他見到義烏人“性雜于機詐勇銳之間，尤事血氣，一戰(zhàn)之外，猶能再奮，但不聽號令，勝則直前不顧”，認為他們是好材料，便決心把義烏人練成精兵。他說義烏人“不患其不強，而患其不馴；不患其不勝，而患其驕”。這驕氣不難消除，所需要的只是嚴格的訓練與軍法而已。
義烏附近的東陽、金華、浦江各縣，人民的性格大致與義烏人相同。
胡宗憲授權(quán)給他，招募義烏及其鄰縣的壯丁四千人。
戚繼光把招募來的四千名“義烏兵”，帶到臺州，練成了一立勁旅：在編制、武器、戰(zhàn)術(shù)、軍法等等方面均有徹底的革新。編制方面，他以十二人為一隊，比起明朝原有的兵制增加了一個人。這個人，便是“火兵”（伙夫）。有了這“火兵”，全隊的人走到某處，便可以在某處吃飯，也就可以住在某處了。平時行軍，毋庸趕到城市，趕到鄉(xiāng)鎮(zhèn)村莊；戰(zhàn)時更可隨處扎營，行動自由得多。 每隊有個隊長，亦稱旗總。四個隊合成一哨，有哨長，亦稱百總。四個哨合成一司，有把總。三個司，合成一營，有千總。五個營合成一軍，有主將。這便是所謂“戚家軍”的編制。
武器方面，他發(fā)明了“狼筅”，用以對付倭寇的倭刀。倭刀長大而鋒利，每每一砍便可以砍掉明軍的花槍桿子好幾條。戚繼光研究出來，用毛竹做花槍桿子，便不是倭刀所容易砍的了。而且，倘若把毛竹尖端，留下兩三尺長的枝葉，更可以抵御倭刀。這尖端再加上刺刀，就成了戚繼光的“新武器”。
每一個司，有百總所直接指揮的“火槍隊”。每一個營，也有把總所直接指揮的“火炮隊”。這也是過去明軍普通部隊中所沒有的。
每一隊兵，分作兩組：每組五人，最前邊的一人左于執(zhí)“長牌”或“藤牌”，右手執(zhí)短刀，第二人用狼筅，第三第四兩人用加長的花槍，第五人用“鈀叉”。全隊的序列，是隊長在前，兩組縱列左右：這叫做“鴛鴦陣”?；蚴顷犻L居中，兩組橫列左右，以鈀叉壓陣：這叫做“三才陣”。
隊是作戰(zhàn)的小單位。隊長的責任，是向前沖。兵的責任是跟著他沖，保護他。隊長不退，兵先退，或是隊長前進，兵不進，以致隊長陣亡，全隊的兵皆斬。一隊陷入重圍，隊長之上的哨長不下令救援，或同哨的其他三隊的隊長不依令去救援，則哨長或三隊隊長之違令的，也斬首不留。哨長是全哨之首，哨長不退而陣亡。所有的四個隊長皆要斬首。擴而充之，哨長（百總）之上，統(tǒng)率叫個哨（一個司）的“把總”，以及把總之上，統(tǒng)率三個司（一個營）的千總，如因不退而陣亡，則把總之下的四個哨長（百總），或千總之下的三個把總，皆要斬首。這叫做“連坐法”。
營之上的主將，統(tǒng)率五個營，分別稱為左右前后中。進退之際，各營均按固定的左右前后中的次序。進退的號令，操于主將，一概不用口傳，而用鑼鼓。敲鑼是退，敲鼓是進。聽了鑼聲而不退，聽了鼓聲而不進，都要以抗令論，軍法從事。
作戰(zhàn)之時，某隊有一人陣亡，但也獲得了敵人首級一顆，免罰。兵士負傷的，有賞。倘若傷口是在背后，則不但沒有賞，而且要罰。同袍之間，互搶敵人的首級或財物，可以由哨長以上的軍官當場下令處死。，
戚繼光練兵，最重軍法，然而他并非以軍法為萬能。他說：“威嚴不能自行永守，保無阻壞。而所以使威嚴之永行無阻壞者，恩與信也。”嚴厲的軍法，可以化部隊為機器，要推動這部機器，必須馭之以恩，勵之以信。
他在受任為金嚴臺三府的參將以后，便把這一支義烏兵帶去臺州，繼續(xù)訓練，留作御倭之用。倭寇一直到了嘉靖四十年四月才來，足足給了他以一年多的訓練時間。
一小股的倭寇，在四月十九日登陸于奉化。奉化不是戚繼光的防區(qū)，他偏要帶領(lǐng)義烏兵去救。作用是，為了引誘倭寇的主力“乘虛”襲擊臺州。果然，就有了兩千矮寇又在桃渚登陸，向著臺州的方向殺人放火而來。戚繼光得到消息，便從桐巖嶺折回。于半天的時間急行了七十里，趕到臺州城下，轉(zhuǎn)向花街，迎擊倭寇，倭寇排開了一字陣，被戚繼光施展出鴛鴦陣，殺得兩千名倭寇大敗全輸。
這一仗打完以后，又有兩千名倭寇于四月底在寧海縣的圻頭登陸，向著臺州府城而來，在五月初一日到達大田鎮(zhèn)。戚繼光也把義烏兵開到大田鎮(zhèn)，兩軍對峙了一天半，倭寇在雨中溜走，企圖經(jīng)由仙居，襲攻處州（麗水）。戚繼光也就轉(zhuǎn)軍向著仙居急進，搶先占了白水洋鎮(zhèn)附近的上峰山，居高臨下，以逸待勞。這一仗，又挫了倭寇兇鋒，卻被逃出了主力，竄至白水洋多的朱宅。戚繼光追到朱宅，將他們包圍，殺光，只剩下三個活的，作為俘虜。
從此，倭寇不敢再向臺州進犯。戚繼光被朝廷升為“都指揮”。
這一年（嘉靖四十年）冬天，戚繼光被調(diào)往江西，剿當?shù)氐?#8220;土匪”。他五戰(zhàn)五勝，將“土匪”肅清，于次年三月回到浙江。
自從汪滶（毛海峰）的一股竄據(jù)福建金門的浯嶼以后，便有一批一批的“新倭”涌到福建，攻破了壽寧、政和、寧德三個縣城，與元鐘一個千戶所，靡爛了福清、長樂、龍巖、松溪、大田、古田、莆田、興化，這八個縣的屬境，而且扎了一個堅強的營壘在三都澳的橫嶼島。
于是，在四十一年七月，戚繼光又奉命到福建去作戰(zhàn)。這時候，他的部隊早已不止有二四千義烏兵了。他帶了六千人去。胡宗憲又加撥了一千六百人，交由戴沖霄率領(lǐng)，歸戚繼光節(jié)制。戴沖霄的官階，也是都指揮，與戚繼光相等。
戚繼光率領(lǐng)不足八千人的部隊，于八月初六到達寧德，寧德這時候已經(jīng)是一片廢墟。他略事休息，便在初八日黎明以前，乘著潮退之時，命令三分之二的兵上，每人帶一捆草，越過大陸與橫嶼之間，足有十里寬的沙灘上，突襲敵人最堅強的堡壘。這一仗，殺死倭寇六百多人，救出八百名以上的被倭寇拘囚的中國老百姓。其余的倭寇狼狽而逃，死在水里的極多。（朝廷升戚繼光的官階為都督僉事。）
戚繼光轉(zhuǎn)軍南下，又在九月初一黎明以前對福清縣的圯寨夜襲，殺盡那里在酣睡之中的七百多倭寇，當天，光復牛田鎮(zhèn)，擊潰倭寇五千人之多。不久以后，他進一步肅清倭寇在興化縣林墩鎮(zhèn)的另一堡壘，斬了九百六十，俘了一千以上，救出二千一百名被拘囚的中國老百姓。
他見到大功告成，便收兵回浙。福建的文武官吏要留他，卻留他不住。他的軍官與兵士，經(jīng)過了這幾次的戰(zhàn)役，雖則陣亡不多。僅有六十九名，但是傷殘的與患病的，幾乎已及全軍的半數(shù)。他必須回浙，一面給傷病的官兵以療養(yǎng)的充分時間，一面向胡宗憲請示，倘若福建仍需要他再去，可否增募若干兵丁。
不料，在他回到浙江之后，胡宗憲已經(jīng)丟官被捕。罪名是阿附嚴嵩。（嚴嵩是在四十一年五月被免職的。胡宗憲被押解進京以后，一度被明世宗釋放。其后，大概是在四十四年三月嚴嵩的兒子嚴世蕃被殺之時，他又因被御史汪汝正指為與嚴世蕃交道，關(guān)進牢獄，病死在牢里。）
胡的總督一缺，并未補人。當時的巡撫已不是阮鶚，而是趙炳然。趙炳然并不因戚繼光之曾經(jīng)受知于胡宗憲，而對戚繼光岐視。他準許戚繼光增募新兵，也同意福建文武官吏之請戚再度入閩的要求。
事實上，自從戚離開福建以后，又有成萬的新倭蜂擁而來。興化府于十一月被攻陷，燒殺一空。各地的山寇（土匪）紛紛揭竿而起，與倭寇相勾結(jié)，打家劫寨，無惡不作。
明世宗下旨，調(diào)升俞大猷為福建總兵官，戚繼光為福建副總兵，又加派廣東總兵劉顯，到福建對興化府城的倭寇會剿。
戚繼光帶領(lǐng)一萬六千名新舊的募兵，于嘉靖四十二年三月開拔，四月初八日路過建寧（建甌），十九日到達興化前線。俞大猷與劉顯也均已在那里了。戚繼光地位低，不能指揮他們兩人。但是，他已經(jīng)迎了福建巡撫譚綸夾，作為俞戚劉三人之上的共同主帥。
嘉靖四十二年四月二十一日，譚綸下令，戚繼光居中，劉顯居左。俞大獻居右，三軍一齊發(fā)動，進攻興化平海衛(wèi)的渚頭許家村赤崎山倭巢。戚軍先到，擊敗倭寇的馬隊，與倭寇的步兵肉搏，登上赤崎山，進逼許家村。劉、俞兩軍從兩翼包來，把許家村合圍，這一仗，是自有倭患以來，最猛烈一次的戰(zhàn)斗，斬殺了倭寇二千二百，釋放了被拘囚的中國老百姓三千。興化城與各村鎮(zhèn)余寇紛紛逃走。
明世宗接到捷報，升戚繼光的官階為都督同知，派他作福建總兵官，調(diào)俞大猷為南贛總兵官。
于是，他留在福建，把閩南閩北的“山寇”以及沿海各地的零星倭寇，一一肅清。其中，較重要的一役，是在四十三年二月打垮包圍仙游縣城的倭寇一萬多人，又連勝他們于王倉坪及漳浦縣的蔡丕嶺。從此，福建也不再有大批倭寇入侵之事了。
倭寇的目標移向廣東。廣東有一個大海盜，姓吳名平，一向與倭寇勾結(jié)，引狼入室，幫助倭寇劫掠福建與廣東沿海的各縣。
明世宗在四十三年把俞大猷從南贛調(diào)往廣東，充任廣東總兵官。到了四十四年秋天又叫戚繼光去，與俞大猷會師，解決吳平。吳平這時候，已被戚繼光在福建打得站不住腳，逃到南澳島扎了營壘。
戚俞二人會師以后，一鼓攻下南澳島，殲火了吳平部屬一萬余人，燒了他的幾百條船。但是，吳平溜走。
吳平溜去了饒平，號召當?shù)赝练?，占住風凰山。俞大猷派部下的將官湯克寬去打，打了幾仗，都打不贏。最后，又被吳平從鳳凰山再溜了走，搶了漁船，出海而去，不知所終。
俞大猷因此而被革了廣東總兵官之職。（后來，他擒斬了翁源的“巨匪”李亞元，才復了職，調(diào)任廣西總兵官。）
戚繼光留在南澳島一個短時期，防備倭寇或吳平再束。結(jié)果，不見他們來，便回到福建原防。事實上，福建也不再有多少倭寇敢來了。
到了穆宗隆慶二年，張居正感到北方吃緊，便把戚繼光調(diào)到薊州，以都督同知的原官階，“總理薊州、昌平、保定三鎮(zhèn)練兵事”。
他在薊州，又有一番轟轟烈烈的作為。那是后話。
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