自 938 年石敬瑭向契丹割讓燕云十六州后，北京一帶已有約 430 年不在漢族政權(quán)的控制之下；而靖康之難后，整個(gè)華北地區(qū)也已經(jīng)有近 250 年由異族統(tǒng)治。靖難之役后的永樂(lè)元年（ 1403 年），禮部尚書李至剛等奏稱，燕平北平是皇帝“龍興之地”，應(yīng)當(dāng)效仿明太祖對(duì)河南鳳陽(yáng)的做法，立為陪都。朱棣予以批準(zhǔn)，于是明代的北京從開封變成了北平。
朱棣奪取政權(quán)后，鑒于人心未附，朱棣一直在京師南京處理國(guó)務(wù)，直到永樂(lè)七年（ 1407年 ），在穩(wěn)固了統(tǒng)治地位之后，他才開始在南京與北京之間多次往返，并在北京長(zhǎng)期停留。據(jù)記載，朱棣在永樂(lè)十一年至永樂(lè)十九年（ 1413 一 1421 ）準(zhǔn)備遷都的八年中，他在南京的時(shí)間只有不到五個(gè)月。
靖難之役后，朱棣從北方帶來(lái)的親軍損失慘重，北京城防備虛空，人口稀少。為了增加軍隊(duì)的有生力量，從永樂(lè)元年（1403年）開始，朱棣從山西、浙江等地，派遣大量民眾遷徙至北京，同時(shí)在邊境屯田。北京城的人口數(shù)量和糧食產(chǎn)量得到了極大的改善，成為當(dāng)時(shí)全國(guó)最大的軍事重鎮(zhèn)。北京為溫帶季風(fēng)性氣候，且水源不足，糧食產(chǎn)量較低，難以供應(yīng)大量涌入的移民。因此，永樂(lè)八年（1410年）明成祖下令疏通大運(yùn)河（會(huì)通河段），營(yíng)造漕船3000余艘，建設(shè)漕運(yùn)系統(tǒng)，并在淮安、徐州、臨清、德州和天津五處建置漕糧倉(cāng)庫(kù)，實(shí)行“南糧北運(yùn)”。
朱棣長(zhǎng)期在北京，南京就由太子朱高熾留守，稱作監(jiān)國(guó)，但太子只能處理日常政務(wù)，重要的事情仍須報(bào)送北京，由朱棣決定，甚至只要朱棣在北京，連欽天監(jiān)進(jìn)歷書、科舉考試的會(huì)試（進(jìn)士考試），也要改在北京舉行。為了處理政務(wù)，朱棣在北京的行在設(shè)立了一套機(jī)構(gòu)，雖不龐大，但卻是核心機(jī)關(guān)。而此時(shí)，明代的政治中心實(shí)際已經(jīng)發(fā)生了轉(zhuǎn)移。
永樂(lè)十四年（1416）十月，朱棣回到離開三年多的南京，他此行的一件重要事情，就是要與群臣計(jì)議營(yíng)建北京的事宜。十一月，群臣合詞奏請(qǐng)營(yíng)建北京，說(shuō)北京沃野千里，物產(chǎn)豐富，可稱天府之國(guó)；其山川形勢(shì)又足以“控四夷，制天下”，是帝王萬(wàn)世之都；而且，現(xiàn)在“漕運(yùn)已通，儲(chǔ)蓄充溢，材用具備，軍民一心”，營(yíng)建條件已經(jīng)成熟，應(yīng)該擇日興工。群臣的話，就是朱棣心中所想，于是北京的營(yíng)建工作正式開始。
經(jīng)過(guò)四年的營(yíng)建，在耗費(fèi)了難以數(shù)計(jì)的人財(cái)物之后，到永樂(lè)十八年（1420）冬，北京的宮殿、郊廟完成，該年十一月朱棣詔告天下，明年以北京為京師，正式遷都。遷都后兩京政府機(jī)構(gòu)進(jìn)行了合并調(diào)整，但南京仍保留了一套完整的機(jī)構(gòu)設(shè)置。至此，明朝政治中心北遷，形成新的兩京制。
遷都從來(lái)都是一件大事，朱棣為什么要這樣做，他本人沒(méi)有給出明確的答案，在詔告天下時(shí)只說(shuō)北京具備各方面條件“實(shí)為都會(huì)”，遷都符合天意、人心、古制。贊成朱棣遷都的意見認(rèn)為，由于首都距離長(zhǎng)城很近，中央政府可以有效地管理和調(diào)動(dòng)軍隊(duì)抵御侵略。朱棣就曾以北京為基地五次北伐北元的殘余勢(shì)力，北京在軍事指揮上的優(yōu)點(diǎn)是處于后方的南京無(wú)法比擬的。同時(shí)，天子戍邊的氣勢(shì)以及皇宮和先帝陵寢俱在前線的事實(shí)，使朝廷上下在面對(duì)危機(jī)時(shí)更有抵抗的決心。也有人認(rèn)為，朱棣獲得的政權(quán)缺乏正當(dāng)性，因此南京的政治環(huán)境與人心歸屬程度使他感覺(jué)不如發(fā)祥地北京。但不論怎樣，此舉顯示出朱棣在政治上的非凡作為。
而反對(duì)者則認(rèn)為，一方面遷都北京給明朝財(cái)政造成了巨大的壓力，另一方面北京地位陡然提升，令整個(gè)北方防線在向內(nèi)收縮的同時(shí)也向北京集中，反而破壞了明太祖時(shí)北方邊防的均衡配置。明宣宗放棄開平等三衛(wèi)后，長(zhǎng)城以外明軍再無(wú)據(jù)點(diǎn)，令北京暴露了兩翼，也失去了戰(zhàn)略縱深，使京師長(zhǎng)期處于外敵的直接威脅下，同時(shí)也是明中期韃靼在大漠、明后期女真在遼東坐大的重要原因。
永樂(lè)十九年（1421年）正月，朱棣下詔正式遷都，改金陵應(yīng)天府為南京，改北京順天府為京師，以南京為留都。遷都大業(yè)實(shí)現(xiàn)了，但剛剛遷到北京的朝廷卻不太順暢。尤其是突發(fā)的一場(chǎng)火災(zāi)讓朱棣十分懊惱。一天深夜，北京城突然風(fēng)起雨鳴。紫禁城的奉天、華蓋、謹(jǐn)身三大殿全都遭雷擊起火?；鸸鉀_天，濃煙升騰，三座精美的大殿很快化為灰燼。在崇尚迷信的古代，天人合一的思想根深蒂固，每遇洪水、大旱、地震、雷擊等自然現(xiàn)象，常被看成是皇帝的決策失誤造的，以致“天怒人怨”，天災(zāi)就是“上天示警”。
因?yàn)槿蟮钍窃饫讚羝鸹馃龤У模扉ψ匀灰膊桓业÷吧咸臁钡木?。他認(rèn)為雖然自己是在一些人的反對(duì)聲中實(shí)現(xiàn)遷都的，但從王朝發(fā)展的戰(zhàn)略大局上并沒(méi)有什么過(guò)錯(cuò)。但三大殿燒了，總得對(duì)朝野上下有個(gè)交代、有個(gè)姿態(tài)。面對(duì)朝野議論紛紛的現(xiàn)象，朱棣立刻下詔征求意見，希望朝野明智之士為他找出雷擊三大殿起火的原因。別說(shuō)，還真有人積極響應(yīng)，朝廷禮部有個(gè)名叫蕭儀的主事率先給朱棣遞上了一個(gè)奏本。這位六品小吏膽子挺大，在奏本中說(shuō)“遷都后諸事不便，且棄絕皇脈與孝陵，有違天意”。朱棣看過(guò)奏本，“龍顏震怒”，認(rèn)為蕭儀把遷都與雷擊三大殿聯(lián)系起來(lái)，完全是蓄意誹謗當(dāng)朝皇帝，立即命令錦衣衛(wèi)將蕭儀抓進(jìn)大牢，以“謗君之罪”砍頭處死。
但自從斬殺了蕭儀，朱棣再?zèng)]有因?yàn)榇蟮钪鸷瓦w都的事殺過(guò)人。朱棣知道，僅處斬了一個(gè)蕭儀并不能平息同類輿論，與蕭儀觀點(diǎn)的官員還有許多。于是下旨讓言官與部院大臣一起到午門外跪下對(duì)辯，都敞開心懷說(shuō)說(shuō)遷都究竟對(duì)不對(duì)。而此時(shí)天降大雨，這一場(chǎng)雨中跪辯，讓所有大臣與言官都看清了皇帝的決心，那就是：遷都一事堅(jiān)定不移，誰(shuí)說(shuō)都沒(méi)用。大殿雷擊著火可以重建，想把把皇宮再搬回南京去絕不可能
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