云南行政組織即云南地方政府的設置可謂是清朝對云南社會治理中非常重要的一環(huán)，其中尤以云南總督一職最為關鍵 。清朝入主中原伊始 ，尚未進入云南， 便設云貴總督 ，由趙廷臣擔任，于兩省互駐 ，此后云南總督與貴州總督時有分設 與合置之事?？滴踉?(1644 ），清圣祖裁撤云貴總督 ，專設云南總督一人 ，駐曲 靖府：康熙三年 ，又裁撤貴州總督 ，并入云南 ，駐貴陽府 ?？滴跏?，清圣祖諭'云南地屬遠疆 ，應專設云南總督一員 。' 因此任命鄂善為云南總督 。
然而至 康熙十三年正月 ，又改授鄂善為云貴總督 ?？滴醵?，云貴總督自貴陽府移 駐云南府。雍正七年1729 ），清世宗又再次更改 ，命云貴總督兼轄廣西，設云貴 廣西總督 。雍正十二年 ，因朝廷內外大臣奏稱 '廣西距云南路遠 ，廣東路近 ，不 若就近為妥便'，遂停止云貴總督兼廣西總督之責 。乾隆元年 (1736 ） ，清高宗將 尹繼善著為云南總督 ，專辦云南事務 ，再次與貴州分設 。乾隆十二年又諭 ：'云貴二省，原系總督一人管轄 ，著仍照舊制，即以張允隨授為云貴總督 ，圖爾炳阿著 授為云南巡撫 ，孫紹武著授為貴州 巡撫。' 后再諭：'貴州省苗蠻錯處，軍務關系 秦重，巡撫文員 ，與通省營卉不相統(tǒng)轄 ，從前撫、提各持意見 ，公事遂致掣肘 。 總督駐扎云南 ，相隔遼遠 ，貴州巡撫著提督軍務 ，節(jié)制通省兵馬。' 至此 ，云貴總督一職才固定下來 ，兼管云貴兩省 。
云南巡撫為僅次于云南總督之職務 ，對云南社會的治理所起作用至關重要 。 順治初年 ，設云南巡撫一人 ，駐云南府 。此次設置之后 ，云南巡撫幾乎未發(fā)生過 變動 ，只是在乾隆時期 ，由于官場缺員現(xiàn)象嚴重 ，多有云南總督兼任云南巡撫之 職。
布政使又稱藩臺 ，專司財賦及人事 。康熙六年 0649 ） ，制定各省布政使員額 ， 裁各省布政使一人 ，僅留一人為全省布政使 ，云南則設布政使一人 。參政、參議 無定員 ，皆裁去左、右名目 ，視何項官推升者 ，即為何項道，名曰守道 。布政使 司所屬各宮 ，理問一人 ，經歷一人 ，都事一人 ，照磨一人 ，檢校一人 ，副理問一 人，庫大使云南一人 ，副使一人 。寶泉局大使、副使各一人 ?？滴跞拍?，云 南裁布政司照磨一人 。乾隆十六年 (1751) ，云南、浙江二省 ，事同一例 ，庫副使 一并裁汰 。乾隆三十年 ，云南又裁布政司理問一人 。
按察便又稱桌臺 ，掌管可法 、監(jiān)察、郵驛等事?？滴趿?（ 1649 ） ，亦制定各 省按察使員額 ，云南設按察使一人 。副使、金事無定員 ，視何項官職推升者 ，即 為何項道 ，皆名之曰巡道。按察司所屬官 、經歷一人 ，照磨二人 ，司獄一人 ?？?熙三十九年 ，云南裁按察司照磨一人 。
云南主要兵制為綠營 ，設提督一人 ?？涤呵嘤袑I 、協(xié)裁撤改并之事 。民治十六年 (1629 ） ，云南設云貴總督標中 、左、右、前四營 ，中營則設副將以下 等官 ，左、右、前三營各設游擊以下等官 ?？滴踉?（ 1662 ） ，又設提督標中 、左、 右三營各游擊以下等宮 。
